Awọn anfani:
- Agbara lati loye ọna kika VCF, akiyesi HGVS (c./p./g.) ati ACMG pathogenicity àwárí mu ati ki o ni oye atọwọda gbejade iwe eri eri
- Agbara lati rii daju tikalararẹ ẹri ACMG kọọkan (igbohunsafẹfẹ olugbe, ni siliki, ipinya, litireso) ni awọn orisun bii ClinVar ati gnomAD
- Agbara lati lo awọn ipilẹ ti mimu ẹya genome ati ipoidojuko awọn aṣiṣe eto ati pe ko lọ kuro ni ipinfunni pathogenicity ikẹhin si oye atọwọda.
Ẹya ara ẹni kọọkan yatọ si itọkasi ni awọn miliọnu awọn aaye; Pupọ ninu awọn iyatọ wọnyi jẹ alailewu (“aiṣedeede”), diẹ ninu awọn fa arun (“pathogenic”). Itumọ iyatọ jẹ iṣẹ ṣiṣe ti pinnu iru kilasi iyatọ ti o ṣubu sinu ati pe o jẹ ọkan ti awọn Jiini ile-iwosan. Ninu ẹyọ yii, iwọ yoo kọ ẹkọ bii o ṣe le lo itetisi atọwọda (AI) gẹgẹbi apejọ ẹri, akopọ ati oluranlọwọ kikọ ni itumọ iyatọ; ṣugbọn iwọ yoo kọ idi ti ipinnu pathogenicity ikẹhin yẹ ki o wa labẹ itẹwọgba iwé nigbagbogbo.
Ikilọ pataki ni akọkọ: Beere lọwọ AI “Ṣe iyatọ pathogenic?” Maṣe gbekele idahun ọrọ-ọkan ti o beere. AI le ni igboya sọ kilasi kan laisi ẹri; le baamu igbohunsafẹfẹ olugbe ti iyatọ, awọn igbasilẹ ile-iwosan iṣaaju, tabi awọn ẹkọ iṣẹ. Ọna ti o tọ ni lati lo AI lati kọ ilana ẹri ati tikalararẹ rii daju ẹri kọọkan ni orisun akọkọ.
Awọn agbekale ipilẹ
- VCF (Kika Ipe Iyatọ): Ọna kika faili boṣewa ti o ṣe atokọ awọn iyatọ ninu apẹẹrẹ; Laini kọọkan n gbe chromosome, ipo, ipilẹ itọkasi, ipilẹ omiiran ati alaye didara.
- HGVS akiyesi: Standard kikọ kika pẹlu awọn iyatọ. c. ipo rẹ ni ifaminsi ọkọọkan, p. iyipada protein, g. Tọkasi ipo jiini. Fun apẹẹrẹ NM_000546.6:c.743G>A ati p.Arg248Gln.
- gnomAD: Ipamọ data gbigba awọn igbohunsafẹfẹ iyatọ ti awọn ọgọọgọrun egbegberun eniyan; O fihan bi iyatọ ṣe wọpọ ni awujọ. Awọn iyatọ ti o wọpọ kii ṣe pathogenic.
- ClinVar: Ipamọ data ti gbogbo eniyan n gba awọn itumọ ile-iwosan ti awọn iyatọ.
- ACMG/AMP àwárí mu: The American College of Medical Genetics 'eto eri ti o pin iyatọ kan si awọn kilasi marun: Pathogenic, Seese Pathogenic, Variant of Uncertain Lami (VUS), Seese Benign, Beign.
Awọn koodu ẹri ACMG: maapu kukuru kan
Eto ACMG n ṣalaye awọn koodu ẹri ni itọnisọna pathogenic (PVS, PS, PM, PP) ati ni itọnisọna ti ko dara (BA, BS, BP); Iwọnyi wa papọ lati pinnu kilasi naa. AI dara ni ṣiṣe alaye kini awọn koodu wọnyi tumọ si, ṣugbọn o gbọdọ rii daju data lori eyiti koodu ti ṣe imuse.
Koodu
Itumo (akopọ)
Nibo ni lati jẹrisi orisun
PVS1
Ẹri ti o lagbara pupọ ti o yori si isonu iṣẹ (fun apẹẹrẹ idaduro ni kutukutu)
Tiransikiripiti, domain, Jiini-arun ibasepo
PS1/PS3
Amino acid kanna / iwadi iṣẹ-ṣiṣe bi pathogenic ti a mọ
ClinVar, nkan iṣẹ ṣiṣe atunyẹwo ẹlẹgbẹ
PM2
Pupọ pupọ / ko wa ninu awọn olugbe
gnomAD igbohunsafẹfẹ
PP3/BP4
Asọtẹlẹ iṣiro ni itọnisọna pathogenic / alaiṣe
Awọn irinṣẹ iṣiro (ifọwọkan)
BA1/BS1
Igbohunsafẹfẹ ga ju lati jẹ pathogenic
gnomAD igbohunsafẹfẹ
BP6/PP5
(Ko ṣe iṣeduro mọ) gbigbekele itumọ ẹlomiran
-
Imọran: PM2 (rarity) ati BA1/BS1 (commonness) awọn ipinnu da lori taara lori igbohunsafẹfẹ gnomAD ati pe o jẹ ẹri ti o ni irọrun julọ julọ. Wo iyatọ akọkọ lori gnomAD; Iyatọ ti o gbilẹ ni diẹ sii ju 1% ti olugbe jẹ o ṣeeṣe julọ kii ṣe pathogenic.
Igbesẹ nipa igbese: Itumọ iyatọ ti iranlọwọ AI
1. Fix iyatọ si boṣewa amiakosile. Ṣe alaye ẹya-ara-ara, tiransikiripiti, ati aṣoju HGVS. Iyatọ lati AI mejeeji c. mejeeji p. mejeeji g. , lẹhinna jẹrisi rẹ pẹlu afọwọsi (bii VariantValidator).
2. Jẹ ki AI kọ ilana ẹri naa. Fun koodu ACMG kọọkan, “data wo ni MO yẹ ki n wo?” Ṣe AI dahun ibeere naa - ṣugbọn maṣe pato kilasi naa sibẹsibẹ.
3. Ṣe idaniloju eyikeyi ẹri ni orisun akọkọ. igbohunsafẹfẹ gnomAD, igbasilẹ ClinVar, iwadii iṣẹ ṣiṣe - ṣii ati ka gbogbo wọn funrararẹ. Ṣayẹwo ẹtọ AI "ko si ni gnomAD" nipa wiwa fun ni gnomAD.
4. Darapọ awọn koodu ki o si jade kilasi. Akọpamọ ACMG awọn ofin apapo pẹlu AI; Ṣugbọn jẹ ki iwé fọwọsi kilasi ikẹhin.
5. Iroyin VUS otitọ. Ti ẹri ko ba to, kilasi naa jẹ "Itumọ ti ko daju"; O jẹ aṣiṣe lati Titari bi pathogenic tabi alaiṣe.
mẹta mini igba
Irú 1 - Ṣe-soke igbohunsafẹfẹ. Onimọran kan beere AI nipa igbohunsafẹfẹ ti iyatọ gnomAD; “0.002%,” AI sọ. Nigbati amoye naa wo lori gnomAD funrararẹ, o rii pe igbohunsafẹfẹ ti iyatọ jẹ 1.3% - afipamo pe ẹri fun BS1 (lagbara ni itọsọna ti ko dara) wulo ati pe iyatọ jẹ eyiti ko lewu. Igbohunsafẹfẹ kekere ti AI ṣe jẹ ki iyatọ eke han toje.
Ọran 2-Iwadii iṣẹ-ṣiṣe Sham. Oluwadi kan fẹ lati ṣe PS3 (ẹri iṣẹ-ṣiṣe) fun iyatọ; AI fun a persuasive article byline. Nigbati oluwadi naa wa lori PubMed, o rii pe ko si iru nkan bẹẹ. Ijẹrisi eke yoo ṣubu ni ẹwọn ẹri naa.
Irú 3 - Ìmúdájú gba. Oludamọran jiini tun ṣe ayẹwo iyatọ “o ṣee ṣe pathogenic” pẹlu AI. YZ tọka si awọn asọye ikọlura tuntun ti a ṣafikun lori ClinVar; Oludamoran naa ṣii ClinVar, rii pe awọn laabu meji ti rii iyatọ lori VUS, ati imudojuiwọn ijabọ naa. Nibi, AI ṣe iranlọwọ nipa leti wa imudojuiwọn kan ti o le jẹ akiyesi - ṣugbọn lẹẹkansi, eniyan ṣe ipinnu naa.
Mẹrin daakọ awọn awoṣe
1) Ṣiṣeto ilana ẹri kan (laisi ṣiṣe kilaasi sọ):
Ipa rẹ: oluranlọwọ itumọ iyatọ ile-iwosan. Ṣeto ilana eri ACMG/AMP fun iyatọ atẹle: [ẹya ti ara ẹni, tiransikiripiti, HGVS]. Fun koodu ẹri kọọkan ti o ṣeeṣe (PVS1, PS1-4, PM1-6, PP1-5, BA1, BS1-4, BP1-7) “kini data yẹ ki n wo, ninu orisun wo, lati lo eyi?” Kọ. Ma ko sọ kilasi SIbẹ; kan ṣe atokọ kini data ti o nilo.
2) ero ìmúdájú gnomAD/ClinVar:
Kọ igbese nipa igbese kini gangan Emi yẹ ki o wa fun gnomAD ati ClinVar fun iyatọ atẹle: [iyatọ]. Ṣe alaye iru ala igbohunsafẹfẹ olugbe ni ibamu si eyiti koodu ACMG. O ko ṣe soke awọn iye; so fun mi ibi ti mo ti ri.
3) Ilana kilasi (ti a fọwọsi nipasẹ mi):
Mo fun awọn ẹri ti o daju wọnyi: [PM2 wa, PP3 wa, BS1 ko si ...] . Akọsilẹ kilasi ti o ṣeeṣe ati idalare ni ibamu si awọn ofin apapo ACMG. Lero ọfẹ lati sọ "VUS" ti ẹri ko ba to. Emi yoo fọwọsi ipinnu ikẹhin.
4) Akọsilẹ ijabọ:
Tumọ isọdi atẹle yii sinu paragirafi ijabọ kan ni ede mimọ ti o dara fun alaisan ati dokita: [iyatọ, kilasi, ẹri pataki]. Maṣe ṣagbega awọn ẹtọ ti idaniloju; ti aidaniloju ba wa, sọ kedere. Tọkasi si alamọja fun ipinnu ile-iwosan.
Ailagbara kiakia / Alagbara kiakia
Alailagbara: "Ṣe TP53 c.743G> Apanirun?"
Isoro: Ko si ẹya genome / tiransikiripiti, ko si ẹri ti o nilo, AI le kan sọ fun kilasi naa ki o ṣe iwọn igbohunsafẹfẹ.
Alagbara: "Ṣeto ilana imuduro ACMG fun GRCh38, TP53 NM_000546.6:c.743G>A (p.Arg248Gln); Sọ fun mi kini lati wa ninu orisun wo fun koodu kọọkan, ibamu iye, ṣe agbekalẹ kilasi naa lẹhin ti Mo fọwọsi.”
Kí nìdí tó fi lágbára: Àyíká ọ̀rọ̀ náà ṣe kedere, ọ̀nà ẹ̀rí ṣí sílẹ̀, pápá ìpilẹ̀ṣẹ̀ ti dínkù, ìpinnu náà wà lọ́wọ́ ẹni náà.
Awọn aṣiṣe ti o wọpọ
- Gbẹkẹle idahun pathogenicity ọrọ-ọkan. Kilasi ti a fun laisi pq ti ẹri jẹ asan.
- Ikuna lati mọ daju igbohunsafẹfẹ ati ikalara. GnomAD igbohunsafẹfẹ ati awọn itọkasi nkan le ṣe deede; Ṣi i funrararẹ.
- Yẹra fun VUS. Wipe “pathogenic/ benign” nigbati ẹri ko ba to jẹ aṣiṣe ile-iwosan.
- Genom version / tiransikiripiti shuffling. Tiransikiripiti ti ko tọ, ti ko tọ c. O tumo si ipo.
- Ṣiṣe imudojuiwọn ClinVar. Awọn itumọ yipada ni akoko pupọ; Ṣayẹwo igbasilẹ lọwọlọwọ julọ.
Išọra: Apapọ awọn koodu ACMG jẹ orisun-ofin ṣugbọn o nilo idajọ amoye; Ẹri kan naa le gbe iwuwo oriṣiriṣi ni oriṣiriṣi awọn ipo-aye-arun. Apapo AI jẹ apẹrẹ, kii ṣe ọrọ ikẹhin.
Ijinle: ni deede kika laini VCF ati awọn iloro igbohunsafẹfẹ
Paapaa laini ẹyọkan ninu faili VCF ni ọpọlọpọ awọn ọfin ninu. Laini apẹẹrẹ: 17 43091983. G A 60 PASS AF=0.0003;DP=45 GT:AD 0/1:22,23. O le ni AI ṣe alaye awọn aaye nibi, ṣugbọn jẹrisi awọn aaye mẹta funrararẹ. Àkọ́kọ́, èwo ni ẹ̀yà genome jẹ́ méjì-méjì chromosome-ipò jẹ́? Iyatọ kanna han ni ipo ọtọtọ ni GRCh37 ati GRCh38; Laisi pato ẹya naa, ipo ko ni itumọ. Ekeji ni aaye GT (genotype): 0/1 heterozygous, 1/1 homozygous; Ninu aarun ipadasẹhin, iyatọ heterozygous kan nikan kii ṣe alaye. Kẹta, DP (jinn kika) ati AD (ijinle allele): ijinle kekere (fun apẹẹrẹ DP = 8) jẹ ki ipe iyatọ jẹ ibeere; Ilana naa le jẹ idaniloju eke. AI ṣe alaye awọn aaye wọnyi ni deede, ṣugbọn “ipe yii ha jẹ igbẹkẹle?” Tirẹ ni ipinnu.
Apeere ti o nipọn ti awọn iloro igbohunsafẹfẹ: amoye kan fẹ lati lo PM2 (aiṣedeede) si iyatọ fun arun toje pẹlu ogún ipadasẹhin. Imọye artificial sọ pe, "gnomAD ko ni, PM2 fun daju." Nigbati iwé naa ṣii gnomAD, o rii pe iyatọ naa ni igbohunsafẹfẹ ti 0.8% ni agbedemeji agbegbe kan - giga to lati ṣe akoso PM2, fun itankalẹ arun na. Aṣiṣe ti o wọpọ ni lati wo iye igbohunsafẹfẹ gbogbo eniyan ati foju awọn agbejade.
Igbohunsafẹfẹ Allele (olugbe)
Aṣoju ACMG ọrọìwòye
akiyesi
Ko si / toje pupọ
Le ṣe atilẹyin PM2
Tun wo ni subpopulations
Ti o ga ju itankalẹ arun lọ
BS1 (lagbara ti ko dara)
Iyatọ ipadasẹhin/aṣakoso jẹ pataki
ti o ga ju 5%
BA1 (aiṣedeede ominira)
Fere esan laiseniyan
5) Awoṣe iṣakoso laini VCF:
Ṣe alaye aaye laini VCF ti o tẹle nipasẹ aaye, ṣugbọn maṣe ṣe idajọ ti o ni igbẹkẹle: tumọ ẹya genome, GT (zygosity), DP ati awọn aaye AD lọtọ. Ṣe atokọ awọn ọran nibiti ipe yii le jẹ ibeere imọ-ẹrọ. Laini: [lẹẹmọ].
Ni akojọpọ
- Itumọ iyatọ jẹ orisun-ẹri; AI jẹ alagbara ni fifisilẹ ati akopọ ẹri, ṣugbọn ipinnu kilasi jẹ to amoye.
- Eyikeyi ẹri (igbohunsafẹfẹ gnomAD, iforukọsilẹ ClinVar, iwadi iṣẹ) gbọdọ jẹ ijẹrisi tikalararẹ ni orisun akọkọ.
- Ṣe atunṣe iyatọ nipasẹ ẹya genome, tiransikiripiti ati HGVS; Jẹrisi pẹlu oludaniloju.
- Ti ẹri naa ko ba to, idahun ooto ni “Imi pataki (VUS).”
Ohun elo iṣẹ-ṣiṣe
Yan iyatọ apẹẹrẹ (fun apẹẹrẹ igbasilẹ ti a mọ daradara lati ClinVar). Jẹ ki AI kọ ilana ẹri pẹlu awọn awoṣe 1 ati 2 loke. Lẹhinna ṣii igbohunsafẹfẹ gnomAD ati asọye ClinVar funrararẹ ki o ṣe afiwe wọn pẹlu awọn ẹtọ AI. Ṣe akiyesi boya iyatọ wa laarin AI ati orisun ni o kere ju ẹri kan ki o ṣe idalare kilasi ti o ṣeeṣe funrararẹ.
akojọ ayẹwo
- [] Mo ti ṣe atunṣe iyatọ pẹlu ẹya jiini, tiransikiripiti ati HGVS.
- [] Mo ṣeto ilana ẹri, Emi ko jẹ ki AI sọ kilasi lati ibẹrẹ.
- [] Mo tikalararẹ ṣayẹwo igbohunsafẹfẹ gnomAD.
- [] Mo ti jẹrisi iforukọsilẹ ClinVar ati imudara-ọjọ.
- [] Mo jẹrisi awọn itọkasi iṣẹ ṣiṣe ni PubMed.
- [] Ti ẹri naa ko ba to, Emi ko ṣiyemeji lati sọ VUS ati fọwọsi ipinnu funrararẹ.