Ọran Ipari-si-Ipari: Irin-ajo Iyatọ kan lati Awari si Ijabọ Ile-iwosan

Awọn anfani:

• Agbara lati darapọ gbogbo awọn apakan ti a kọ jakejado module (akọọkan, iyatọ, eto, iwe, ile-iwosan) ni iṣan-iṣẹ atilẹyin AI-ipin-si-opin kan
• Agbara lati lo ilana ti 'Oye itetisi atọwọdọwọ ṣe agbejade, ṣe idaniloju eniyan ati awọn iwe-ẹri' ati ijẹrisi orisun akọkọ ni gbogbo igbesẹ
• Agbara lati ṣakoso pq ijerisi nipasẹ ṣiṣe iwe aṣiri ati ifọwọsi iwé ikẹhin ni ọran ipari-si-opin

Ninu module yii, a jiroro ni ipele kọọkan lọtọ, lati itupalẹ lẹsẹsẹ si eto amuaradagba, lati CRISPR si awọn omics, lati awọn iwe-iwe si iṣe-iṣe ati aṣiri. Ninu ẹyọ ikẹhin yii, a ṣajọpọ gbogbo wọn sinu ṣiṣan iṣẹ gidi kan: irin-ajo iyatọ ti a rii ninu alaisan kan, lati data aise si ijabọ ile-iwosan ti a fọwọsi. Ibi-afẹde naa ni lati rii ni kikun bi o ṣe le ipo oye atọwọda (AI) bi oluranlọwọ ipari-si-opin ati bii ijẹrisi ati iṣiro eniyan ṣe ni ibaraenisepo ni gbogbo ipele.

Oju iṣẹlẹ wa (itanran): Alaisan obinrin 34 ọdun kan wa fun igbelewọn jiini pẹlu itan-akọọlẹ ẹbi ti akàn igbaya ni ọjọ-ori. Iyatọ kan ninu jiini BRCA1 ni a rii ninu idanwo nronu. Iṣẹ apinfunni wa: ṣe iyatọ iyatọ yii, tumọ ipa ti o ṣee ṣe lori amuaradagba, ṣe atunyẹwo awọn iwe-iwe, ati ṣe iwe ijabọ ile-iwosan kan - lilo AI ni gbogbo igbesẹ ati ifọwọsi ni gbogbo igbesẹ.

Ipele 1: Titunṣe iyatọ ati iṣakoso ikọkọ

Ni ibẹrẹ ibẹrẹ ti iṣan-iṣẹ, a ṣe awọn ohun meji: ṣe deede data ati rii daju asiri.

Ikọkọ ni akọkọ: Orukọ alaisan, nọmba idanimọ, ati ọjọ ibi ko tẹ eyikeyi awọn irinṣẹ AI ti o ṣii (Ẹka 10). A n ṣiṣẹ nikan pẹlu iyatọ, ẹya genome, ati iwe afọwọkọ - ati pe nikan ti iyatọ ko ba ṣe idanimọ ẹni kọọkan. Lẹhinna a ṣe atunṣe iyatọ: GRCh38, BRCA1, NM_007294.4, fun apẹẹrẹ c.5266dupC (p.Gln1756fs). A jẹrisi eyi pẹlu afọwọsi (VariantValidator); A ko gba aṣoju ti AI fun ni iye oju (Ẹka 1, 3).

Ipele 2: Ẹri ikojọpọ (Ẹka 3)

A ni AI kọ ilana ẹri ACMG - ṣugbọn laisi ṣiṣe kilaasi sọ fun. Lẹhinna a ṣayẹwo ẹri kọọkan funrara wa:

• igbohunsafẹfẹ gnomAD: A wa iyatọ ni gnomAD ati rii pe o ṣọwọn pupọ / ko si (ni itọsọna ti PM2).
• ClinVar: A ṣii igbasilẹ ati ṣayẹwo awọn asọye ti o wa ati alabapade.
• Oriṣiriṣi iyatọ: Ti fireemu ba yori si idaduro ti tọjọ, o le jẹ ẹri to lagbara ti isonu iṣẹ (PVS1) - ṣugbọn a ṣe iṣiro eyi ni ipo ti pupọ ati tiransikiripiti.

A ko lo eyikeyi igbohunsafẹfẹ tabi itọkasi ti a fun nipasẹ AI laisi ijẹrisi rẹ (Unit 9).

Ipele 3: Itumọ eto-Amuaradagba (Ẹka 4)

Lati loye ipa ti iyatọ lori amuaradagba, a ṣe igbasilẹ igbekalẹ AlphaFold (pẹlu nọmba UniProt rẹ), wo Dimegilio igbẹkẹle pLDDT ati awọn alaye iṣẹ-ṣiṣe UniProt ti agbegbe ti o kan. Nitoripe fireemu kan yipada pupọ ti amuaradagba, itumọ igbekalẹ le ṣe atilẹyin idawọle ipadanu-iṣẹ nibi-ṣugbọn eto naa jẹ amoro, kii ṣe ẹri pataki. A ko beere AI fun awọn ipoidojuko; A ka lati faili naa.

Ipele 4: Ijeri iwe-ẹri (Ẹka 7)

A gba awọn ọrọ wiwa lati AI, wa lori PubMed funrararẹ, ati rii awọn nkan gangan lori iyatọ ati pupọ. A jẹrisi awọn itọkasi ti AI fi silẹ “lati iranti” pẹlu DOI/PMID. A ṣe itọju iyatọ laarin ibatan ati okunfa ni orisun.

Ipele 5: Pipin ati itumọ ile-iwosan (Awọn ẹya 3, 8)

A darapọ awọn ẹri ti a fọwọsi, ti o ṣe afihan kilasi ti o ṣeeṣe pẹlu apapo ACMG (ninu apẹẹrẹ yii, ipadanu ti o lagbara ati awọn ẹri aiṣedeede le wa ni itọsọna ti "patogeniki / jasi pathogenic" - ṣugbọn amoye naa ni ipari ipari). A darapọ itumọ ile-iwosan pẹlu phenotype ati itan-akọọlẹ ẹbi: ṣe aworan alaisan ni ibamu pẹlu BRCA1? Ti aidaniloju ba wa, a sọ ni otitọ.

Ipele 6: Ijabọ ifilọlẹ ati ifọwọsi (Ẹka 8)

Pẹlu AI, a mura awọn ijabọ iwe fun dokita ati alaisan; Ni ede ti ko ṣe àsọdùn awọn okunfa, jẹ kedere nipa aidaniloju, ti o si darí si imọran jiini. Amoye jerisi gbogbo gbolohun. A ṣafikun apakan awọn opin (ohun ti idanwo naa ko bo, awọn ipo atunwo).

Imọran: Nigbati o ba n tẹ abajade ti ipele kọọkan sinu atẹle ni ṣiṣan ipari-si-opin, rii daju pe iṣelọpọ ti fọwọsi. Igbohunsafẹfẹ ti a ko rii daju tabi ifaramọ ni a gbe siwaju lọna ti ko tọ si gbogbo awọn ipele ti o tẹle (chained hallucination—Unit 9).

tabili bisesenlo

Ipele

Ipa ti AI

Ijẹrisi dandan

oluṣe ipinnu

atunse

demo Sketch

VariantValidator

amoye

Asiri

Iṣakoso àìdánimọ

eda eniyan Iṣakoso

amoye

eri

Ṣiṣeto ilana kan

gnomAD, ClinVar

amoye

igbekale

Ọrọìwòye

pLDDT, faili

amoye

litireso

Ọrọ wiwa, akopọ

DOI/PMID

amoye

kilasi

osere apapo

ACMG ofin

amoye

Iroyin

osere ede

gbolohun alakosile nipa gbolohun

Amoye / ajùmọsọrọ

Awọn ọran kekere mẹta (awọn aaye fifọ ni ṣiṣan)

Ọran 1 - Tiransikiripiti ti ko tọ. Ẹgbẹ kan ṣiṣẹ pẹlu iwe afọwọkọ ti a fun nipasẹ AI ni ibẹrẹ ṣiṣan naa; o nigbamii mọ pe nronu ti lo kan yatọ si tiransikiripiti. c. Awọn ipo wọn ti yipada. Aṣiṣe naa jẹ ipinnu nipasẹ titunṣe lati ibẹrẹ pẹlu VariantValidator. Ẹkọ: ašiše ni awọn ojoro alakoso disrupts gbogbo sisan.

Ọran 2 - Nkan atilẹyin iro. Ni ipele litireso, AI dabaa iwe idaniloju kan ti o ṣe atilẹyin ipinya. Ṣayẹwo PMID fihan pe nkan ko si; kuro lati pq ti eri. Ẹri gangan ti to, ṣugbọn igbẹkẹle ẹkọ / ile-iwosan yoo ti bajẹ ti ẹda eke ba wa ninu ijabọ naa.

Irú 3 - Ìmúdájú gba. Ni ipele ijabọ, afọwọṣe AI pẹlu alaye naa “iyatọ yii dajudaju fa akàn.” Oludamọran ṣe atunṣe eyi nipa sisọ “iyatọ yii pọ si eewu igbaya/akàn ọgbẹ, ṣugbọn ko ṣe afihan arun ti o daju” o si ṣafikun iṣeduro kan fun imọran jiini. Ohun orin ati išedede ni apẹrẹ ni ọwọ amoye.

Awọn awoṣe ẹda meji (opin si ipari)

1) Alakoso sisan:

Rẹ ipa: isẹgun Jiini workflow Iranlọwọ. Ṣẹda akojọ ayẹwo ipari-si-opin lati iṣawari lati ṣe ijabọ fun iyatọ atẹle: [ẹya jiini, apilẹṣẹ, transcript, HGVS]. Kọ ni ipele kọọkan (imuduro, asiri, ẹri, eto, iwe, kilasi, ijabọ) pẹlu awọn ọwọn “Kini AI ṣe / kini MO ṣe rii daju / tani pinnu”. O ṣe awọn kilasi ati isẹgun ipinnu.

2) Ayẹwo ikẹhin:

Ṣaju-ṣayẹwo asọye iyatọ ti o pari atẹle ati iwe iroyin ṣaaju ifisilẹ: [akoonu]. Ṣayẹwo fun: igbohunsafẹfẹ/itọkasi ti ko ni idaniloju, ididi/apejuwe asọye, ikilọ aibikita ti o padanu, pipin aala ti o padanu, ailagbara asiri. Ṣe atokọ iṣoro kọọkan ati awọn imọran eyikeyi fun titunṣe.

Ailagbara kiakia / Alagbara kiakia

Alailagbara: “Kọ ijabọ ile-iwosan pipe fun iyatọ BRCA1 yii.”

Isoro: AI gbejade "iroyin" nipa fifi gbogbo awọn ipele ni ọkan lọ; igbohunsafẹfẹ, ikalara, kilasi, isẹgun idajọ ti wa ni gbogbo unconfirmed.

Alagbara: "Ṣe akojọ ayẹwo lati ṣawari lati ṣe iroyin fun iyatọ BRCA1 yii; ya sọtọ ni ipele kọọkan ohun ti iwọ yoo ṣe, ohun ti Emi yoo ṣayẹwo, ati tani yoo ṣe ipinnu. Emi yoo ṣe ipinnu kilasi ati iwosan lẹhin ti o jẹrisi ẹri naa."

Kini idi ti o fi lagbara: Sisan naa ti ni eto, ipele kọọkan ti so mọ afọwọsi, ati pe ipinnu ati ojuse wa pẹlu eniyan.

Awọn aṣiṣe ti o wọpọ

• Beere fun “iroyin ti o pari” pẹlu itọka kan. Awọn ipele ti wa ni idapo laisi idaniloju; aṣiṣe akojo.
• Fojusi alakoso atunṣe. Ẹya ti ko tọ/kikọsilẹ tako gbogbo ṣiṣan naa.
• Gbigbe o wu laarin awọn ipele lai afọwọsi o. A pq hallucination dide.
• Lerongba nipa asiri ni "opin" ti sisan. Aṣiri gbọdọ wa ni idasilẹ ni aye akọkọ, ni titẹsi data.
• Nlọ ipinnu ati ohun orin si AI. Yara ikawe ati fifiranṣẹ ile-iwosan gbọdọ jẹ ifọwọsi nipasẹ alamọja.

Išọra: Lilo AI opin-si-opin fi ọpọlọpọ akoko pamọ ṣugbọn ko dinku ojuse; Ni ilodi si, o jẹ ki ibawi ti ijẹrisi ni ipele kọọkan paapaa pataki julọ. AI ṣe iyara ṣiṣan naa; Eniyan ṣe iṣeduro išedede, aabo ati ibamu ti iṣe.

Ijinle: awọn ifowopamọ akoko ṣiṣan iṣẹ, ailagbara ati itọpa iṣayẹwo

Iye gidi ti ṣiṣan opin-si-opin kii ṣe “jẹ ki AI ṣe gbogbo rẹ” ṣugbọn ni gbigba akoko ni awọn aaye to tọ ati fa fifalẹ ni awọn aaye to tọ. Jẹ ki a ṣe iwọn ere naa ni oju iṣẹlẹ yii: ṣeto ilana ilana ẹri, ṣiṣẹda awọn ọrọ wiwa, sisọ ede ijabọ ni irọrun, ati wiwa pẹlu atokọ ayẹwo-lẹhin le ge ohun ti aṣa yoo gba awọn wakati pupọ ti iṣẹ kikọ sinu mewa iṣẹju. Ni idakeji, gnomAD/ClinVar afọwọsi, VariantValidator pinning, DOI yiyewo, ati idajọ amoye ko le ṣe abbreviated - wọn jẹ ẹhin aabo ti ṣiṣan naa. Iṣọkan ti o pe: “AI ṣe agbejade apẹrẹ, awọn iṣe eniyan bi onigbọwọ.” Èrè wa ninu apẹrẹ, ojuse wa ninu ipinnu.

Ọna asopọ ẹlẹgẹ julọ ni ṣiṣan nigbagbogbo jẹ akọkọ: anchoring. Ẹya genome ti ko tọ tabi iwe afọwọkọ ti ko tọ ni ipalọlọ tan kaakiri si ipele kọọkan ti o tẹle, nikẹhin ti njade ijabọ aiṣedeede patapata. Nitorinaa maṣe tẹsiwaju si igbesẹ ti n tẹle laisi ifẹsẹmulẹ oran pẹlu ohun elo adaduro kan (bii VariantValidator). Aaye keji ti o ni ipalara julọ ni gbigbejade iṣelọpọ laarin awọn ipele: ṣiṣe abajade ti a ko rii daju ti ipele kan titẹ sii si atẹle ti n pe hallucination pq.

Lakotan, ni agbegbe ile-iwosan, itọpa iṣayẹwo jẹ pataki si ṣiṣan: o gbọdọ jẹ akọsilẹ iru orisun wo ni a ṣayẹwo ni ọjọ wo, eyiti a rii ẹya ClinVar, ẹniti o fọwọsi ipinnu wo. Awọn atunyẹwo ClinVar yipada ni akoko pupọ; Igbasilẹ ti o jẹ “pathogenic loni” le ti tun pada si VUS ni ọdun kan lẹhinna. Itọpa iṣayẹwo n jẹ ki atunwo mejeeji jẹ ki o jẹ iṣiro ti ofin/ti iṣe.

sisanwọle ẹya-ara

opo

Ohun elo

fifipamọ akoko

Dide lati yara lori iyaworan

Ilana, ede, akojọ ayẹwo lati AI

Alailagbara

Ṣe aabo oruka akọkọ

Jẹrisi imuduro pẹlu ohun elo ominira

Ọja gbigbe

Gbe laisi ijerisi

Gbogbo ipele ni a fọwọsi ni orisun

itọpa ayewo

Ṣe igbasilẹ gbogbo ipinnu

Orisun, ọjọ, fọwọsi nipasẹ iforukọsilẹ

Ni akojọpọ

• A iyatọ ká irin ajo lati Awari lati jabo; O ni wiwa awọn ipele ti atunṣe, asiri, ẹri, eto, iwe-iwe, kilasi ati ijabọ.
• AI ṣe agbejade apẹrẹ / koodu / akopọ ni ipele kọọkan; Ni ipele kọọkan, amoye naa ṣe idaniloju ati pinnu.
• Ijade laarin awọn ipele yẹ ki o gbe lọ si atẹle nikan lẹhin ijẹrisi.
• Asiri ti wa ni idasilẹ lati ibẹrẹ akọkọ; Kilasi ati ipinnu ile-iwosan nikẹhin ṣe pẹlu ifọwọsi iwé.

Ohun elo iṣẹ-ṣiṣe

Yan iyatọ itan-akọọlẹ (fun apẹẹrẹ igbasilẹ BRCA1 ti a mọ daradara). 1. Ṣẹda iwe ayẹwo ipari-si-opin pẹlu awoṣe ki o ṣe ipele kọọkan funrararẹ ni ọna ti ẹyọ ti o baamu ni module yii: ṣatunṣe iyatọ, ṣayẹwo gnomAD/ClinVar, wo ọna AlphaFold, wa nkan gidi kan, ṣe idalare kilasi ti o ṣeeṣe ki o ṣe atokọ ijabọ kan ki o ṣe atunṣe pẹlu oju amoye. Gbiyanju lati wa iyatọ laarin AI ati orisun ni o kere ju awọn ipele meji.

akojọ ayẹwo

• [] Mo ṣeto asiri lati ibẹrẹ; Nko gbe data idamo kankan.
• [] Mo ṣe atunṣe iyatọ pẹlu ẹya/tiransikiripiti ati fi idi rẹ mulẹ pẹlu olufọwọsi.
• [] Mo jẹrisi ẹri kọọkan (igbohunsafẹfẹ, ClinVar, litireso) ni orisun akọkọ.
• [] Mo ti ṣe asọye be pẹlu igbekele Dimegilio ati lati awọn faili.
• [] Mo ti ni ifọwọsi tikalararẹ ati itumọ ile-iwosan ti o da lori ẹri.
• [] Mo ti ṣayẹwo idi / konge ni ede ijabọ ati fikun awọn opin.

Idanwo module

1. Ninu atẹle wo ni ipo deede julọ fun itetisi atọwọda (paapaa awoṣe ede nla) ni isedale molikula ati jiini?

• A) O jẹ oluranlọwọ ti o kọ koodu, ṣe agbejade awọn iyaworan ati awọn asọye; Gbogbo iṣẹlẹ ti ibi-aye gbọdọ jẹri ni orisun akọkọ, itumọ ikẹhin jẹ ti amoye ✔
• B) O jẹ ipilẹ data genome ti o gbẹkẹle; Awọn ilana ati awọn iyatọ ti a fun ni a le kọ taara si ijabọ naa.
• C) Niwọn igba ti o ṣe iwọn bi ohun elo yàrá kan, awọn abajade rẹ ni a gba ẹri esiperimenta.
• D) O ni agbara lati pari ipinnu pathogenicity ile-iwosan laisi ifọwọsi eniyan.

Alaye: Awoṣe ede ti o tobi kii ṣe aaye data genome tabi ohun elo yàrá; O jẹ olupilẹṣẹ ọrọ ti o farawe awọn iṣiro ni iṣiro ninu data ikẹkọ. Awọn otitọ ti isedale gẹgẹbi lẹsẹsẹ / iyatọ / pupọ yẹ ki o rii daju nigbagbogbo lati awọn orisun akọkọ bi NCBI, Ensembl, ClinVar, gnomAD; Ipari ile-iwosan ati itumọ ijinle sayensi yẹ ki o jẹ ti alamọja ti o ni oye.

2. O gba ipoidojuko genome ti iyatọ lati AI, ṣugbọn iṣẹ akanṣe rẹ nlo GRCh38 (hg38). Oye atọwọda le ti fun ipoidojuko hg19. Kini ọna ti o tọ?

• A) Lilo ipoidojuko taara nitori pe o dabi oye
• B) Ko si iwulo lati beere fun ẹya naa bi itetisi atọwọda nigbagbogbo n fun ẹya lọwọlọwọ julọ.
• C) Ni gbangba jẹrisi ẹya-ara-ara ati rii daju ipoidojuko pẹlu ohun elo igbegaOver osise ✔
• D) Niwọn bi iyatọ laarin hg19 ati hg38 ko ṣe pataki, yan ọkan ki o tẹsiwaju

Apejuwe: Awọn ipoidojuko iyipada laarin awọn ẹya genome (GRCh37/hg19 ati GRCh38/hg38). Eyikeyi awọn ipoidojuko ti a fun laisi ẹya jẹ ifura. Awọn ipoidojuko yẹ ki o yipada / rii daju pẹlu ohun elo igbegaOver osise ati ẹya genome ti a lo yẹ ki o jẹrisi ni kedere; bibẹẹkọ gbogbo titete ati asọye yoo tọka si ipo ti ko tọ.

3. Ninu akiyesi HGVS 'c.', 'p.' ati 'g.' Kini awọn ami-iṣaaju tumọ si ati kilode ti ko yẹ ki wọn dapo?

• A) Ohun kan naa ni gbogbo wọn tumọ si, ko ṣe pataki eyi ti a lo.
• B) 'c.' ifaminsi DNA/tiransikiripiti, 'p.' amuaradagba, 'g.' jẹ ipele genomic; Ti o ba ni rudurudu, o le tọka si ipo miiran ✔
• C) p. nigbagbogbo 'c. jẹ igba mẹta iye rẹ, iyipada jẹ aifọwọyi ati aṣiṣe-free
• D) Awọn ami-iṣaaju jẹ deede lasan; Ko si ye lati pato ẹya tiransikiripiti

Apejuwe: HGVS jẹ ọna kika akọtọ boṣewa pẹlu awọn iyatọ: 'c.' ifaminsi DNA (tiransikiripiti) ipele, 'p.' ipele amuaradagba, 'g.' ntokasi si awọn genomic ipele. Pipọpọ iwọnyi tabi lilo ẹya tiransikiripiti ti ko tọ le ṣe afihan ipo/iyatọ ti o yatọ patapata; nitorinaa ìpele ti o pe gbọdọ ṣee lo pẹlu ẹya tiransikiripiti (fun apẹẹrẹ NM_007294.4).

4. Kini o yẹ ki o jẹ ipa ti AI nigba lilo ACMG àwárí mu lati ṣe ayẹwo awọn pathogenicity ti a iyatọ?

• A) Oríkĕ itetisi pari eri ati kilasi; ko si nilo fun iwé abojuto
• B) Iṣakoso GnomAD ko ṣe pataki nitori oye itetisi atọwọda fun igbohunsafẹfẹ olugbe lati iranti rẹ.
• C) Niwọn bi awọn ibeere ACMG ti muna, iṣelọpọ AI ni a ka pe o tọ
• D) Oríkĕ itetisi le gbe awọn osere eri; Gbogbo ẹri yẹ ki o rii daju ni orisun akọkọ, ipin ikẹhin yẹ ki o jẹ nipasẹ amoye ✔

Apejuwe: ACMG jẹ ilana ti o ṣe iyatọ iyatọ pathogenicity nipasẹ awọn ẹka ti ẹri (igbohunsafẹfẹ olugbe, ni asọtẹlẹ silikoni, ipinya, ikẹkọ iṣẹ, litireso). AI le gbe awọn iwe eri; Sibẹsibẹ, ẹri kọọkan gbọdọ jẹ ifọwọsi tikalararẹ ni ClinVar, gnomAD ati awọn iwe-iwe, ati ipinfunni ikẹhin (pathogenic / seese pathogenic / VUS…) gbọdọ jẹ nipasẹ alamọja ti o ni oye.

5. Iwọ yoo ṣiṣẹ pẹlu ọna DNA ti a fun nipasẹ itetisi atọwọda. Kini igbesẹ akọkọ ti o dara julọ?

• A) Lilo ọkọọkan nipa gbigba lati orisun akọkọ gẹgẹbi NCBI / Ensembl tabi jẹrisi pẹlu itọkasi nibẹ ✔
• B) Fi sii lẹsẹsẹ taara sinu itupalẹ nitori pe o dabi pe o jẹ gigun to tọ
• C) A ro pe ọna ti o tọ ti awọn lẹta ba ni awọn nucleotides to wulo
• D) Beere oye itetisi atọwọda nipa ọkọọkan lekan si ki o ka bi o ti tọ ti awọn abajade meji ba jẹ kanna.

Alaye: AI le 'kun sinu' okun kan ti ko ranti pẹlu awọn lẹta ti o ni imọran; Paapa ti ipari ati awọn lẹta ba han pe o tọ, wọn le ma baramu itọkasi gangan. Nitorina, eyikeyi ọkọọkan ti a fun nipasẹ itetisi atọwọda lati ori ko lo taara; A ya ọkọọkan lati orisun akọkọ gẹgẹbi NCBI / Ensembl tabi timo nipasẹ itọkasi ninu rẹ.

6. Kini Dimegilio pLDDT tumọ si ni asọtẹlẹ igbekalẹ amuaradagba lati ọpa bi AlphaFold?

• A) O jẹ ijẹrisi ti o nfihan pe eto naa ti jẹri idanwo
• B) O jẹ iye yàrá ti o ṣe iwọn ipele iṣẹ ṣiṣe ti amuaradagba.
• C) O jẹ Dimegilio ti o nfihan igbẹkẹle awoṣe ninu asọtẹlẹ igbekalẹ agbegbe fun iyokù kọọkan; kekere iye ni rọ / unreliable agbegbe ✔
• D) O jẹ ipin ti o fihan iyatọ iyatọ ti amuaradagba ninu olugbe.

Apejuwe: pLDDT (0-100) jẹ Dimegilio igbẹkẹle ti o tọka bi AlphaFold ti ni igboya ninu asọtẹlẹ igbekalẹ agbegbe rẹ fun iyoku kọọkan (amino acid). pLDDT giga tumọ si eto agbegbe ti o gbẹkẹle, pLDDT kekere tumọ si rọ / aibalẹ tabi agbegbe ti ko ni igbẹkẹle. Awọn be ni a amoro; Awọn agbegbe igbẹkẹle kekere ko yẹ ki o jẹ itumọ-julọ ati awọn ẹtọ iṣẹ-ṣiṣe yẹ ki o ni atilẹyin nipasẹ awọn ẹri idanwo.

7. Kini idi ti o fi lewu lati sọ pe iyipada kan 'paarẹ patapata' amuaradagba ti o da lori asọtẹlẹ igbekalẹ AlphaFold?

• A) Awọn ẹya AlphaFold ko le ṣee lo fun idi eyikeyi nitori wọn jẹ aṣiṣe nigbagbogbo
• B) Awọn be ni a amoro; Awọn ẹtọ iṣẹ ṣiṣe wa ni ipele ti awọn idawọle ati nilo ijẹrisi idanwo ✔
• C) Ko si ewu; Iṣẹjade AlphaFold jẹ deede bi kikọ idanwo
• D) Ewu wa nikan ti pLDDT ba kere; Ti o ba ga, ẹtọ naa ni a ṣe akiyesi laifọwọyi.

Ifihan: AlphaFold jẹ asọtẹlẹ igbekalẹ, kii ṣe ẹri idanwo; O ti ni opin ni pataki ni awọn agbegbe ti o rọ / aibalẹ ati ni awọn ipa iyipada awoṣe. Awọn iṣeduro iṣẹ ṣiṣe ti o da lori igbelewọn wa ni ipele idawọle ati nilo ijẹrisi idanwo (fun apẹẹrẹ, iwadii iṣẹ ṣiṣe). Bibẹẹkọ, asọtẹlẹ naa ni a gbekalẹ bi ẹri.

8. Kini igbesẹ afọwọsi to ṣe pataki julọ nipa awọn oludije CRISPR gRNA (RNA itọsọna) ti daba nipasẹ oye atọwọda?

• A) Ti ipari gRNA ba tọ, ko nilo awọn sọwedowo siwaju sii
• B) Ti oye atọwọda ba sọ pe 'ipa ibi-afẹde ko kere', tẹsiwaju taara si idanwo naa
• C) O jẹ idaniloju to pe ilana gRNA ni awọn nucleotides to wulo
• D) Ṣe ifọwọsi awọn oludije pẹlu titete jiini otitọ ati awọn irinṣẹ itupalẹ ibi-afẹde ati jẹrisi ninu ile-iwosan ✔

Apejuwe: gRNA jẹ itọsọna RNA ti o ṣe itọsọna enzymu Cas si ibi-afẹde; Pẹlu apẹrẹ ti ko tọ, o tun le ge awọn agbegbe ibi-afẹde. Awọn oludije ti o pada nipasẹ AI gbọdọ jẹ ifọwọsi nipasẹ titete genome gangan ati awọn irinṣẹ itupalẹ ibi-afẹde, lẹhinna jẹrisi nipasẹ idanwo yàrá. Nitoripe oye atọwọda sọ pe 'ailewu' kii ṣe aropo fun ijẹrisi.

9. Kini idi ti atunṣe idanwo pupọ (fun apẹẹrẹ FDR/Benjamini-Hochberg) ṣe pataki nigba idanwo awọn iyatọ ninu ikosile ti ẹgbẹẹgbẹrun awọn Jiini pẹlu RNA-seq?

• A) Ẹgbẹẹgbẹrun awọn idanwo nigbakanna nfa awọn idaniloju eke; Atunse FDR ṣe opin iwọn wọnyi, p-iye aise jẹ ṣinilọna ✔
• B) Atunse jẹ pataki nikan ti nọmba awọn ayẹwo ba kere; Ko ni nkankan lati ṣe pẹlu nọmba awọn Jiini
• C) Atunse idanwo pupọ ko yi abajade pada, o jẹ deede nikan
• D) Robi p<0.05 nigbagbogbo to; atunṣe jẹ ki awọn iṣiro jẹ ki o nira

Alaye: Nigbati a ba idanwo awọn ẹgbẹẹgbẹrun awọn jiini ni igbakanna, ọpọlọpọ awọn Jiini wa pẹlu p<0.05 (rere eke) nitori aye nikan. Atunse idanwo pupọ (FDR - iṣakoso oṣuwọn wiwa eke) ṣe opin awọn idaniloju iro wọnyi. Awọn atokọ ti awọn Jiini ti ṣalaye 'pataki' pẹlu awọn iye p-ainitunṣe jẹ ṣina; Iwọn ti a ṣatunṣe (q-iye) yẹ ki o lo.

10. Kí ni ó túmọ̀ sí bí a bá rí ọ̀nà kan pé ó jẹ́ ‘ọlọ́rọ̀ lọ́nà títóbi’ nínú ìtúpalẹ̀ ìmúkún ọ̀nà àti báwo ni ó ṣe yẹ kí a túmọ̀ rẹ̀?

• A) Ṣe afihan pe ọna naa jẹ idi pataki ti arun na
• B) O jẹ ẹri esiperimenta pe ọna naa nṣiṣẹ lọwọ ninu sẹẹli naa
• C) O jẹ ifihan iṣiro ti o nfihan pe awọn Jiini ipa ọna jẹ aṣoju pupọ ju ti a ti ṣe yẹ lọ; Nbeere itumọ pataki, kii ṣe okunfa ✔
• D) O jẹ abajade ti o to lori tirẹ, ominira ti abẹlẹ ati atunṣe idanwo pupọ

Apejuwe: Imudara jẹ ifihan iṣiro ti o tọka si pe ọna kan pato jẹ aṣoju pupọ laarin awọn Jiini ti ikosile wọn yipada; Kii ṣe ẹri ti idiwo tabi pe ipa ọna naa n ṣiṣẹ gangan. Ipari; Eto apilẹṣẹ ti a lo gbọdọ tumọ ni pataki ni ipo ti yiyan abẹlẹ ati atunse idanwo pupọ ati pẹlu iṣeeṣe imọ-jinlẹ.

11. Nigbati o ba n funni ni akojọpọ iwe-iwe, AI le tọka nkan kan ti o han ni otitọ ṣugbọn ko si tẹlẹ (itumọ iro). Kini ọna ti o tọ?

• A) Ti onkọwe ati orukọ iwe iroyin ba jẹ ojulowo, itọka naa ṣee ṣe pe o tọ, ṣiṣe ayẹwo ko ṣe pataki
• B) Ṣe idaniloju itọkasi kọọkan ni orisun akọkọ nipasẹ DOI/PubMed; ✔ kò lo ohun tí a kò lè rí
• C) Oríkĕ itetisi ko ni ṣe soke Attribution; Awọn itọkasi rẹ le ṣe afikun taara si iwe-itumọ
• D) Ti ọpọlọpọ awọn itọkasi ba wa, kii ṣe iṣoro ti diẹ ninu wọn ba jẹ aṣiṣe.

Apejuwe: AI le ṣe agbejade nkan ti o ṣe patapata (ati DOI iro) pẹlu awọn orukọ onkọwe ti n dun gidi ni iwe akọọlẹ gidi kan. Itọkasi kọọkan gbọdọ jẹ ifọwọsi tikalararẹ ni orisun akọkọ nipasẹ DOI/PubMed; Awọn itọkasi ti a ko le rii ko yẹ ki o lo. Ojuse ijinle sayensi je ti onkowe; Ko si awọn itọkasi ti ko ni idaniloju yẹ ki o tẹ ọrọ sii.

12. Kini ilana ti o peye julọ julọ nipa kikọsilẹ ijabọ jiini ti ile-iwosan ti AI ti ipilẹṣẹ?

• A) Ti iwe-ipamọ naa ba ni irọrun, o le fun ni taara si alaisan
• B) Ko si ijẹrisi orisun lọtọ ti a nilo bi AI tun ṣe ipilẹṣẹ ẹri
• C) Ipinnu pathogenicity ninu ijabọ naa le fi silẹ si itetisi atọwọda, alamọdaju nikan ṣayẹwo ọna kika
• D) Ibeere ile-iwosan kọọkan gbọdọ jẹri, ijabọ ikẹhin gbọdọ jẹ ifọwọsi nipasẹ alamọja ti o ni oye, ati pq ijẹrisi gbọdọ jẹ akọsilẹ ✔

Apejuwe: Oye itetisi atọwọda fi akoko pamọ ni ṣiṣejade awọn iyaworan ijabọ ati awọn akopọ; Sibẹsibẹ, ibeere ile-iwosan kọọkan gbọdọ ni asopọ si ẹri ati awọn orisun akọkọ, ati pe ijabọ ikẹhin gbọdọ jẹ ifọwọsi nipasẹ alamọja ti a fun ni aṣẹ. Ijade AI ko le ṣe itumọ taara si ipinnu alaisan; Ẹwọn ijerisi gbọdọ wa ni akọsilẹ.

13. Kini o tumọ si ti iṣẹjade AI ba dun pupọ ati 'igboya'?

• A) Ohun orin igboya kii ṣe ẹri ti deede; Awọn nilo fun afọwọsi posi, ko dinku ✔
• B) Idahun ti o ni irọrun ati ipinnu jẹ otitọ julọ, ijẹrisi ko ṣe pataki
• C) Ohun orin igboya tọkasi awoṣe kika data taara lati iranti
• D) Ohun orin jẹ iwọn ti igbẹkẹle, bi awọn idahun ṣiyemeji jẹ aṣiṣe ati awọn idahun igboya jẹ ẹtọ.

Alaye: Ohun orin igboya AI kii ṣe ẹri ti deede; Awọn hallucinations ti o lewu julọ wa pẹlu awọn gbolohun ọrọ ti o rọrun julọ ati idaniloju. Nigbati a ba rii ohun orin igboya, iwulo fun ijẹrisi pọ si, kii dinku. Otitọ kọọkan (ilana, iyatọ, jiini, itọkasi) yẹ ki o jẹ ifọwọsi-agbelebu pẹlu orisun akọkọ ti ominira.

14. Kini iṣọra ikọkọ ti o ṣe pataki julọ ṣaaju fifun data jiini alaisan si ohun elo AI ti o wa ni gbangba fun itupalẹ?

• A) Ti data ba wa ni koodu ni base64, o le lẹẹmọ lailewu
• B) Ti o ba jẹ pe orukọ alaisan nikan ni o paarẹ, ko nilo igbese siwaju
• C) Ko pese data idanimọ ti ara ẹni rara; àìdánimọ, idinku data ati igbanilaaye / ṣe akiyesi ilana ofin ✔
• D) Awọn data jiini le ṣe pinpin larọwọto nitori a ko ka data ti ara ẹni.

Apejuwe: Data Jiini jẹ ẹka pataki ti data ti ara ẹni ati pe ẹni kọọkan le jẹ idanimọ pẹlu awọn akojọpọ toje ti awọn iyatọ. A ko pese data jiini idanimọ lati ṣii awọn irinṣẹ; data yẹ ki o jẹ ailorukọ, nikan alaye pataki ti o kere julọ yẹ ki o pin (idinku data) ati aṣẹ/ilana ofin (KVKK/GDPR) yẹ ki o ṣe akiyesi.