Wiwo Imọ-jinlẹ: Fifihan Data Ni otitọ ati ni oye

Awọn anfani:

• Agbara lati yan awọn iru ayaworan ipilẹ ti isedale gẹgẹbi idite onina, maapu ooru, apoti / Idite fayolini ati PCA fun idi naa.
• Agbara lati lo awọn ipilẹ otitọ gẹgẹbi ipo ti o bẹrẹ lati odo, asọye ti ọpa aṣiṣe, alaye n, ati paleti wiwọle
• Agbara lati yago fun awọn aworan aṣiwere ti o tọju pinpin, ge ipo, ati ṣe ẹwa data naa

Wiwa ti isedale, laibikita bi o ṣe ṣe pataki to, ko le loye ti a ko ba ni wiwo daradara. Ni akoko kanna, aworan buburu tabi ṣinilona le ṣe afihan data naa; Eyi jẹ mejeeji iṣoro ihuwasi ati aṣiṣe ijinle sayensi kan. Ninu ẹyọ yii, a yoo jiroro lori awọn oriṣi awọn aworan ti a lo julọ ninu isedale, bawo ni a ṣe le ṣe agbejade wọn ni iyara pẹlu oye atọwọda, ati kini lati san ifojusi si lati rii daju pe aworan naa jẹ ooto.

AI ṣe agbejade awọn igbero didara igbohunsafefe ni iṣẹju-aaya pẹlu matplotlib / koodu okun; ṣugbọn o jẹ iṣẹ rẹ lati pinnu boya aworan naa ni deede duro fun data naa.

Awọn oriṣi ipilẹ ti awọn aworan ni isedale

• Idite onina: Ifiwera iwọn ipa (log2FC) ati pataki (-log10 p) ni ikosile iyatọ. Ṣe afihan awọn jiini ti o yipada ni iwo kan.
• Heatmap: Ilana ikosile ti ọpọlọpọ awọn Jiini / awọn ayẹwo ni awọn awọ. O ṣe afihan awọn ilana nipasẹ ikojọpọ.
• Idite apoti / fayolini: Ifiwera pinpin awọn ẹgbẹ. O jẹ otitọ diẹ sii ju igi apapọ lọ nitori pe o fihan itankale naa.
• Atẹle PCA: Dinku data iwọn-giga si awọn iwọn 2 ati fifihan iṣupọ awọn ayẹwo (itupalẹ paati akọkọ).
• Igi phylogenetic: Nfihan ibatan itankalẹ ti awọn eya / awọn ilana nipasẹ ẹka.
• Iwalaaye ti tẹ (Kaplan-Meier): Ṣe afihan iṣeeṣe iṣẹlẹ kan (fun apẹẹrẹ, iku) ni akoko pupọ.

Imọran: Awọn shatti igi ti o rọrun ti a gbìmọ lori tumọ nigbagbogbo jẹ ṣinilọna ninu isedale nitori wọn ṣe boju-boju awọn aaye data kọọkan ati pinpin. Ti o ba ṣeeṣe, jade fun idite apoti tabi “beeswarm” ti o tun fihan awọn aami. Ti awọn aaye data diẹ ba wa, ṣafihan gbogbo wọn.

Otitọ eya agbekale

• Jẹ ki axis bẹrẹ lati odo (paapaa ni awọn shatti igi); awọn truncated ipo exaggerates awọn iyato.
• Pato kini ọpa aṣiṣe jẹ: iyapa boṣewa, aṣiṣe boṣewa, tabi aarin igbẹkẹle? Iwọnyi yatọ pupọ.
• Fihan n: Melo ni awọn ayẹwo ti o gba yẹ ki o wa ninu awọn aworan tabi ni akọle.
• Lo paleti ore afọju (fun apẹẹrẹ viridis); Maṣe gbẹkẹle iyatọ alawọ-pupa.
• Maṣe ṣe ẹwa data naa: Pipaarẹ itujade, gbigbe ipo, tabi fifihan atunwi ẹlẹwa nikan jẹ aiṣedeede imọ-jinlẹ.

Igbesẹ-igbesẹ: ṣe agbejade chart onina

1. Mura data naa: tabili pẹlu gen, log2FC, awọn ọwọn padj.
2. Iyipada: Ṣe iṣiro -log10 (padj) fun y-axis.
3. Ṣeto awọn iloro: |log2FC|>1 ati padj<0.05.
4. Awọ rẹ: Soke, isalẹ, awọn ẹka mẹta ti ko ni itumọ.
5. Aami: Darukọ diẹ (kii ṣe gbogbo) ti awọn Jiini ti o lagbara julọ.
6. Akọle ati ipo: Ko aami, n alaye, ala apejuwe.

Awọn awoṣe kiakia idakọ

Ipa: Iwọ jẹ oluranlọwọ iwoye imọ-jinlẹ. Iṣẹ-ṣiṣe: Fa idite onina lati tabili ikosile iyatọ mi (Jẹn, log2FC, padj). Ipele: padj<0.05 ati |log2FC|>1. Ṣe awọ awọn ẹka mẹta ki o si samisi awọn jiini 10 pataki julọ. Paleti ore afọju, aami asulu ko o, ṣafikun alaye n si akọsori. matplotlib, igbohunsafefe didara. koodu asọye.

Fa maapu ooru kan: awọn ori ila jẹ awọn jiini oniyipada 50 julọ, awọn ọwọn jẹ awọn apẹẹrẹ. Ṣe deede kana pẹlu Z-score, ṣafikun iṣupọ akosoagbasomode, lo paleti viridis. Ṣe afihan awọn ẹgbẹ apẹẹrẹ pẹlu adikala awọ.

Ṣe alaye boya ọpa aṣiṣe ninu aworan mi yẹ ki o jẹ iyapa boṣewa tabi aṣiṣe boṣewa, da lori idi ti idanwo naa. Ṣe alaye iyatọ laarin awọn mejeeji ati awọn abajade ti yiyan eyi ti ko tọ.

Ṣe apẹrẹ igi yii ni otitọ diẹ sii: ṣafikun awọn aaye data kọọkan lori oke, bẹrẹ ipo ni odo, ṣafihan n. Koodu to wa: [koodu]

Ailagbara kiakia / Alagbara kiakia

Alailagbara: "Idite ikore."

Alagbara: "Ni data iṣẹ-ṣiṣe enzymu fun awọn ẹgbẹ 4 (n = 8 kọọkan). Fa awọn ẹgbẹ violin kan ti o ṣe afiwe awọn ẹgbẹ; bò awọn aaye data kọọkan fun ẹgbẹ kọọkan; fi laini agbedemeji han; bẹrẹ y-axis ni odo; fi ẹyọkan kun si awọn aami axis (nmol/min); lo paleti ore-awọ-awọ. Rii daju pe chart naa duro fun pinpin daradara."

Iyatọ: Itọkasi ti o lagbara ni iru chart, n, awọn ilana otitọ ati ẹyọkan. Awoṣe ṣe agbejade ayaworan kan ti o jẹ alaye, kii ṣe ṣinilọna.

mẹta mini igba

Ọran 1 - Axis ti a ti ge: Ninu igbejade kan, iyatọ 3% laarin awọn ẹgbẹ meji ni a ṣe lati han ti o tobi nipasẹ fifin ipo laarin 95-100. Nigbati AI bẹrẹ ipo lati ibere, o wa ni pe iyatọ jẹ kekere. Ẹkọ: ifọwọyi axis ṣi oluwoye lọna.

Ọran 2 - Pipin ti o farasin: Afihan igi kan fihan awọn ẹgbẹ meji “o yatọ ni pataki”; ṣugbọn nigbati awọn ojuami ti wa ni afikun, ti o ti ri pe awọn ẹgbẹ ni lqkan si kan ti o tobi iye, ati awọn iyato wa lati kan diẹ outlier ojuami. Nigbati awoṣe daba fifi awọn aaye kun, itan gidi wa jade. Ẹkọ: a chart ti o tọju irọ pinpin.

Ọran 3 - Iṣoro afọju: A ya maapu ooru pẹlu paleti alawọ-pupa; O fẹrẹ to 8% ti awọn olugbo (awọn ọkunrin afọju) ko le rii iyatọ naa. Nigbati mo yipada si paleti Viridis, chart naa di kika fun gbogbo eniyan. Ẹkọ: pallet wiwọle yẹ ki o jẹ boṣewa.

afiwe chart

Idi

o dara ayaworan

Lati yago fun

ikosile iyato

onina chart

aise p akojọ

Ẹgbẹ pinpin

apoti / fayolini + aami

itele stick

ilana pupọ pupọ

Maapu Ooru (ti o ṣajọpọ)

gun tabili

Iṣakojọpọ apẹẹrẹ

PCA

-

akoko-iṣẹlẹ

Kaplan-Meier

apapọ igi

Awọn aṣiṣe ti o wọpọ

• Truncated axis: Exaggerating iyato.
• Tọju pinpin: Ṣe afihan ọpa apapọ nikan.
• Ko asọye igi aṣiṣe: SD/SE/GA iporuru.
• Kii ṣe pato n: Oluka ko le ṣe iṣiro igbẹkẹle.
• Awọ ti ko le wọle: Laisi awọn afọju awọ pẹlu paleti alawọ-pupa.
• Ẹwa data: Aṣoju yiyan jẹ aiṣedeede imọ-jinlẹ.

Ifarabalẹ: Eyikeyi akanṣe ti awọn aworan ti o jẹ ki data naa yatọ si bi o ti jẹ (gige ipo, fifipamọ itujade, atunwi yiyan) jẹ ilodi si iduroṣinṣin ijinle sayensi. AI le tekinikali gbe awọn kan "wuyi" chart; ṣugbọn o jẹ ojuṣe rẹ lati rii daju pe chart ṣe aṣoju data ni deede.

Igi phylogenetic ati awọn aworan ibatan

Iwoye kan pato si isedale ni igi phylogenetic, eyiti o ṣe afihan ibatan itankalẹ ti awọn eya tabi awọn ilana. Apẹrẹ ẹka tọkasi ibatan, ati awọn ipari ẹka tọkasi iye iyipada. AI kọ koodu ti o kọ igi kan lati awọn ilana ti o ni ibamu (fun apẹẹrẹ pẹlu Biopython Phylo tabi ete3) ati fa igi naa ni ọna kika. Sibẹsibẹ, awọn ipalara meji wa ni itumọ igi: aibikita ipari ti ẹka ati wiwo nikan ni ẹka, ati pe ko ṣe pato bata bata (iye ti o tọka bi o ṣe jẹ igbẹkẹle ti eka naa). Ẹka ti o ni atilẹyin kekere ko to lati beere ibatan ibatan.

Fa igi phylogenetic kan lati awọn ilana ti o jọmọ. Fihan awọn ipari ẹka lati ṣe iwọn, ṣafikun awọn iye atilẹyin bootstrap si awọn apa, samisi awọn ẹka pẹlu atilẹyin kekere ni isalẹ 70%. Sunmọ awọn ẹka atilẹyin kekere pẹlu iṣọra nigbati o tumọ igi naa.

Table pẹlu awonya: eyi ti nigbati

Ko gbogbo data nbeere eya. Nibo awọn nọmba deede jẹ pataki (fun apẹẹrẹ awọn iye deede ti awọn ẹgbẹ pupọ, awọn abajade iṣiro) tabili ti a ṣeto daradara ga ju iwọn kan. Awọn chart fihan awọn Àpẹẹrẹ ati lafiwe; Awọn tabili yoo fun awọn gangan iye. Nigbati a beere lọwọ oye atọwọda, "Ṣe data yii yẹ ki o han bi aworan kan tabi tabili?" ati béèrè fun idalare fun o lokun igbejade rẹ.

Nikẹhin, chart naa nilo lati jẹ alaye ti ara ẹni. Oluka yẹ ki o ni anfani lati ni oye ohun ti o han nikan nipa wiwo awọn aworan ati akọle rẹ laisi kika ọrọ naa: awọn aake yẹ ki o wa ni aami ati pẹlu awọn ẹya, awọn ẹgbẹ yẹ ki o wa ni asọye, n yẹ ki o pato, pataki iṣiro yẹ ki o samisi. Beere AI chart rẹ “Ṣe o ni ararẹ pẹlu akọle ati awọn afi?” Nini ayewo jẹ ayẹwo ikẹhin to dara.

Ṣetan-lati tẹjade: awọn alaye imọ-ẹrọ

Awọn alaye imọ-ẹrọ diẹ wa ti o mu iwọn kan lati wiwo ti o dara loju iboju lati ṣee lo ni igbohunsafefe, ati AI le ṣafikun iwọnyi si koodu naa. Ni akọkọ, ipinnu: awọn iwe iroyin nigbagbogbo nilo ipinnu giga (300 DPI ati loke) tabi ọna kika vector (PDF, SVG); Eyi ṣe idaniloju pe ayaworan ko ni blur ni titẹ. Ẹlẹẹkeji ni iwọn fonti: tag ti o le ka loju iboju le ma ka nigbati o dinku lori oju-iwe nkan; axis ati aami ojuami yẹ ki o wa ni titunse accordingly. Kẹta, aitasera: lilo ifaminsi awọ kanna (fun apẹẹrẹ, iṣakoso nigbagbogbo grẹy, itọju nigbagbogbo buluu) kọja gbogbo awọn aworan ni iwadii kanna ṣe idiwọ oluka lati tun koodu aworan kọọkan. O le ṣafikun awọn alaye wọnyi ni igbesẹ kan nipa sisọ oye itetisi atọwọda “jẹ ki ayaworan yii ṣetan fun titẹjade: 300 DPI, iṣelọpọ fekito, iwọn font nla, paleti awọ deede”.

Ṣetan iwe apẹrẹ mi fun titẹjade: 300 DPI ati tun fipamọ bi fekito (PDF), mu axis ati awọn titobi aami pọ si lati tẹ iwọn ti a le ka, lo paleti awọ deede kọja gbogbo ṣiṣe (iṣakoso = grẹy, itọju = buluu). Fun commented koodu pẹlu matplotlib.

Ni soki

Aworan ijinle sayensi ti o dara ṣe afihan data ni gbangba ati ni otitọ. Idite onina, maapu ooru, apoti / Idite violin ati PCA jẹ awọn irinṣẹ ipilẹ ti isedale. AI ni kiakia kọ koodu naa fun awọn aworan wọnyi, ṣugbọn o jẹ iṣẹ rẹ lati tẹle awọn ilana ti iṣotitọ bii ibẹrẹ ipo ni odo, fifihan pinpin, asọye ọpa aṣiṣe, n ṣalaye n, ati paleti wiwọle. Awọn aworan ti o lẹwa kii ṣe awọn aworan ooto.

Ohun elo iṣẹ-ṣiṣe

Pẹlu ṣeto data ti o ni (tabi apẹẹrẹ), jẹ ki AI ṣe awọn shatti meji: Idite violin / apoti pẹlu awọn aaye data ti o nfihan pinpin ẹgbẹ, ati idite onina lati tabili ikosile iyatọ. Ninu awọn mejeeji, bẹrẹ ipo lati odo (ti o ba yẹ), ṣafikun n si akọle, lo paleti ore afọju. Lẹhinna beere awoṣe lati ṣe agbejade ẹya “iṣilọ” ati “otitọ” ti apẹrẹ igi kanna ki o ṣalaye iyatọ naa.

akojọ ayẹwo

• [] Mo ti yan iru chart ni ibamu si data ati idi.
• [] Mo ti ṣe ipilẹṣẹ ipo ti o yẹ lati ibere.
• [] Mo ti fihan pinpin/data ojuami, ko nikan ni apapọ.
• [] Mo pato kini igi aṣiṣe jẹ (SD/SE/GA).
• Mo ṣafikun [] n alaye si chart.
• [] Mo ti lo paleti ore afọju ati pe ko ṣe ẹwa data naa.