Единици
1. Вовед во вештачката интелигенција во хемијата: улоги, граници, валидација и етика 2. Молекуларна претстава и хемиска структура: валидација со SMILES, InChI и RDKit 3. Предвидување и механизам на реакции: Предвидување на производот, состојбата и несаканите реакции 4. Поддршка за интерпретација на спектарот: NMR, IR и масовна спектрометрија 5. Преглед на литература и планирање на синтезата: извор, процедура и патоказ 6. Хемиска анализа на податоци и Пајтон: панди, стехиометрија и калибрација 7. Предвидување на молекуларни својства и QSAR: Резолуција, pKa и граници на моделот 8. Лабораториска документација: тетратка за експеримент, ELN и репродуктивност 9. Проценка на безбедност и опасност: GHS, SDS и границите на вештачката интелигенција 10. Потврда, халуцинација и научен интегритет 11. Човек во експериментот: етика, приватност, одговорност и работен тек од крај до крај
Единица 3 / 11

Предвидување и механизам на реакции: Предвидување на производот, состојбата и несаканите реакции

Добивки:

  • Способност да се разбере разликата помеѓу предвидувањето на напредната реакција и ретросинтезата и да се побара од вештачката интелигенција алтернативни правци и најризичниот чекор.
  • Знаејќи дека броевите на состојбите, приносот и имињата на реагенсите се слаби во вештачката интелигенција и потврдувајќи ги со литература и каталози.
  • Способност да се планира чистотата и безбедноста на производот од самиот почеток со испитување на несаканите реакции одделно и јасно

Предвидување и механизам на реакција: Предвидување на производот, состојбата и страничната реакција со вештачка интелигенција

Постојат две прашања кои најчесто ги поставува хемичарот: „Што ќе се случи ако ги измешам овие супстанции? и „Што треба да направам за да го добијам производот што го сакам?“ Првото е прашањето за предвидување на напредната реакција (од почетните материјали до производот), второто е прашањето за ретросинтеза (назад од производот до почетните материјали). ВИ е вреден партнер за бура на идеи и во двете: наведува можни производи, сугерира услови, предизвикува несакани реакции. Но, експериментите и литературата одлучуваат дали реакцијата навистина ќе функционира, каква ќе биде нејзината ефикасност и дали е безбедна. Во оваа единица, ќе научиме да користиме вештачка интелигенција во планирањето на реакции на моќен, но контролиран начин.

Разлика помеѓу напредното предвидување и ретросинтезата

Напредно предвидување: Ги имате почетните материјали и реагенсите; „Што е со производот? прашуваш. На пример, ако третирате примарен алкохол со оксиданс, може да завршите со алдехид или карбоксилна киселина; До кој ќе оди зависи од реагенсот и состојбата. Вештачката интелигенција обично добро ја знае оваа разлика, но може да биде погрешна под услов деталите.

Ретросинтеза: ја имате целната молекула; „Од кои поедноставни делови можам да го направам ова? се враќаш назад. Секој чекор назад сугерира „пресек“ (исклучување). ВИ е добра во сортирање низ повеќе алтернативни патеки; Но, неопходно е со литературата да се потврди дека секој чекор од патот што тој го предлага всушност функционира.

Совет: Наместо да барате од вештачката интелигенција за само еден „најдобар начин“, побарајте 2-3 алтернативни начини и слабата точка на секој („кој чекор е ризичен?“). Изборот меѓу алтернативите е многу побезбеден отколку слепо следење на една патека.

Механизам: разбирање зошто тоа се случува

Механизмот на реакција покажува чекор по чекор каде одат електроните и по кој редослед. АИ е добар учител во објаснувањето на механизмот: едноставно ги објаснува концептите на нуклеофил (богат со електрони, видови кои донираат електрони), електрофил (сиромашни со електрони, видови кои прифаќаат електрони), среден производ и преодна состојба. Како и да е, може да нацрта „стрели“ во сложени или нови механизми. Споредете го описот на механизмот со извор на органска хемија.

Чекор по чекор: Планирање на реакција со вештачка интелигенција

  1. Прецизно наведете ја целта: Дефинирајте го производот и почетниот материјал, доколку ги има, со НАСМЕВКИ (претходна единица).
  2. Ограничувања на состојбата: размер (mmol/mol), реагенси што треба да се избегнуваат, растворувачи достапни, безбедносни маргини.
  3. Побарајте алтернативи: 2-3 начини и очекувањата за ефикасност и ризикот од секој.
  4. Прашајте за несакана реакција: можни несакани производи на секој чекор и како да ги намалите.
  5. Потврда со литература: Потврдете го предложениот клучен чекор со вистинска статија/база на податоци (Reaxys, SciFinder итн.).
  6. Безбедносна проверка: Проверете го SDS на секој реагенс (единица 9).

Четири шаблони за копирање

1) Предвидување на реакцијата:

Почетни материјали (насмевки):- Бензил алкохол: OCc1ccccc1Реагенс: PCC (пиридиниум хлорохромат), во дихлорометан. Задача:1) Кој е главниот производ (НАСМЕВКИ + реклама)?2) Зошто е формиран овој производ, алдехид или карбоксилна киселина, оправдување?3) Можност и чист производ? „ПОВЕРИЈТЕ“ ја состојбата за која не сте сигурни.

2) Ретросинтеза:

Целна молекула (насмевки): O=C(c1cccccc1)c1ccc(OC)cc1 (4-метоксибензофенон)Ограничување: Скала 10 mmol; Може да се користат Grignard реагенси. Задача: Дајте 2 алтернативни начини на ретросинтеза. За секоја маршрута: точка на исклучување, потребни почетни материјали (SMILES), реагенс+состојба на секој чекор и проценет опсег на принос. Означете го најризичниот чекор.

3) Опис на механизмот:

Реакција: Дехидрација на секундарен алкохол (Е1) катализирана со киселина. Задача: Објаснете го механизмот, чекор по чекор, со движење на електроните. На секој чекор: кој тип на нуклеофил/електрофил, кој меѓупроизвод се формира. Исто така, наведете го вашиот претпочитан производ Zaitsev/Hofmann. Јазик: обичен турски, дефинирајте ги термините кога првпат ќе се спомнат.

4) Оптимизација на состојбата (генерирање идеи):

Реакција: Формирање амидна врска (карбоксилна киселина + амин). Реагенси за спојување имаме: EDC, DCC, HATU. Задача: Наведете табела со предности/недостатоци (принос, леснотија на прочистување, цена, безбедност) за секој реагенс. Која би ја одбрале во која ситуација? Забелешка: Не барајте точна ефикасност; Ќе потврдам со литература.

Слаб промпт / Силен промпт

Слаб:

Што се случува кога ќе ги измешате овие две супстанции?

Не е јасно кои супстанции (без структура), кој однос, кој услов, кој растворувач. ВИ ги надополнува недостатоците и може да испорача погрешен производ.

Силно:

Стартер: оцетна анхидрид (CC(=O)OC(=O)C) + салицилна киселина (OC(=O)c1ccccc1O), катализатор: концентрирана сулфурна киселина (неколку капки), ~85 °C, 15 мин. Задача: 1) Главен производ (насмевки+реклама), 2) резиме на механизмот, 3) нуспроизвод и прочистување, 4) безбедносно предупредување. Означете каде не сте сигурни.

Разлика: секоја почетна клаузула со SMILES, стапка/состојба вклучена, излезот е конфигуриран, се бара безбедност. (Овој пример е синтеза на аспирин.)

Каде што вештачката интелигенција е силна и слаба во предвидувањето на реакцијата

Предмет

Дали вештачката интелигенција е моќна?

Белешки

Препознавање на типот на реакција

силна

Оксидација, формирање на естер, итн. добро познати

Прогнозирање на главниот производ (класичен)

Генерално силна

Сигурен во добро документирани реакции

Точни броеви на принос/состојба

слаб

Температурата, времетраењето, ефикасноста често се неточни

Нова/ретка реакција

слаб

Постои голем ризик од измислица, литературата е задолжителна

Потсетник за несакани реакции

средно силен

Вреден како листа за проверка

Регио/стерео селективност

Променлива

Едноставните правила се добри, сложените се лоши

мини случаи

Случај 1 - Вистински производ, погрешна состојба. Еден студент планирал естерификација на Фишер. YZ го даде точниот производ, но рече дека „ќе биде завршен за 10 минути на собна температура“. Литературата покажа дека оваа избалансирана реакција трае со часови при рефлукс и бара отстранување на водата. Ако студентот не ја коригирал состојбата, ќе наиде на принос од 5%. Поука: дури и ако производот е точен, потврдете ги броевите на состојбите со литература.

Случај 2 - Измислен катализатор. YZ произведе непостоечко име на катализатор за реакција на спојување во форма на "Pd(XYZ)4". Кога студентот барал во каталогот на катализаторите, не можел да го најде; ВИ го измисли името. Вистинскиот катализатор беше Pd(PPh3)4. Лекција: потврдете ги имињата на реагенсите и катализаторите во вистинските каталози.

Случај 3 - Занемарена несакана реакција. При ацилирање на примарен амин, вештачката интелигенција го даде главниот производ, но прво го заобиколи ризикот од двојна ацилација со вишок реагенс. Ако корисникот праша „можни нуспроизводи?“ Кога прашав експлицитно, вештачката интелигенција го додаде ова и предложи ограничување на стехиометријата на 1,05 еквиваленти. Поука: прашајте за страничната реакција одделно и јасно, можеби нема да дојде на едно барање.

Вообичаени грешки

  • Користење на броеви на услови како што е. Температурата, времето, еквивалентот и ефикасноста се најслабите области во вештачката интелигенција; Потврдете со литература.
  • Единствениот начин е да прашате. Планот без алтернативи го прави ризичниот чекор невидлив.
  • Не прашувајќи за споредната реакција. Дури и ако главниот производ изгледа правилно, нуспроизводите ја одредуваат чистотата.
  • Не се потврдува името на реагенсот. Може да се направат непостоечки имиња на катализатори/лиганди.
  • Сметајќи го механизмот како доказ. Навидум веродостојниот механизам не гарантира дека реакцијата ќе продолжи.
  • Не наведувајќи ја скалата. Она што е безбедно на скала mg може да биде опасно на скала за kg.
Внимание: Само затоа што вештачката интелигенција претставува предложена реакција како „постоечка во литературата“ не значи дека таа всушност постои. Не заборавајте да го припишете клучниот чекор на автентичен извор (напис DOI, добро позната процедура).

Сумирано

  • Вештачката интелигенција е моќен партнер за увид во напредното предвидување и ретросинтезата; Добро го предвидува типот на производот.
  • Броевите на состојби се слаби со принос и ретки реакции; потврди ги со литературата.
  • Наместо на еден начин, побарајте 2-3 алтернативи и нека го обележат најризичниот чекор.
  • Издавајте несакани реакции одделно и отворено; Потврдете ги имињата на реагенсите/катализаторите во каталозите.
  • Механизмот го забрзува разбирањето, но не е доказ дека реакцијата ќе функционира.

Задача за апликација

Изберете целна молекула што ја знаете. Прашајте ја вештачката интелигенција за две алтернативни патишта за ретросинтеза; Побарајте од него/неа да ги посочи почетните ставки, условите и најризичниот чекор за секоја патека со НАСМЕВКИ. Потоа обидете се да го потврдите клучниот чекор на секоја патека со извор на литература (вистински DOI). Која патека се покажа поцврста? Колку од условите дадени од вештачката интелигенција се совпаѓаа со литературата, а колку бараа корекција? Напишете споредба на една страница.

листа за проверка

  • [ ] Ја знам разликата помеѓу напредното предвидување и ретросинтезата.
  • [ ] Молекулите ги изразувам со НАСМЕВКИ и ограничувањата (скала, растворувач).
  • [ ] Не го сакам единствениот пат, сакам алтернативи и ризични чекори.
  • [ ] Во посебно прашање ги изоставувам споредните реакции.
  • [ ] Ги потврдувам броевите на состојбите и имињата на реагенсите со литература/каталог.
  • [ ] Го користам за да го разберам механизмот, а не како доказ.