Nkeji
1. Okwu Mmalite nke ọgụgụ isi Artificial na Molecular Biology and Genetics: Ọrụ, ókèala, nkwado, ụkpụrụ omume na nzuzo 2. Nyocha usoro DNA/RNA: Nhazi, Motif, Frame Reading Open na Basic Bioinformatics 3. Ntụgharị asụsụ dị iche iche: Ọrịa nje sitere na VCF, Nhọpụta HGVS, yana akara ACMG 4. Nhazi Protein na AlphaFold: Amụma Ọdịdị Ọgụgụ, akara ntụkwasị obi, na nkwado 5. Nkwado imewe CRISPR: Nhọrọ gRNA, Nwepu-Ezubere, yana Nnwale nnwale 6. Nyocha data Omics: RNA-seq, nkwupụta, ọnụ ọgụgụ na nkwalite ụzọ 7. Nyochaa akwụkwọ na ọdịde sayensị: Nnwale isi mmalite na ihe egwu dị n'okwu ụgha 8. Nkọwa ụlọ ọgwụ: mkpesa, nnabata ndị ọkachamara, nkwado na oke 9. Ịdọ aka ná ntị nke nhụsianya na nyocha: mkpụrụ ndụ ihe nketa mebere, usoro, ụdị dị iche iche, na njirimara. 10. Ụkpụrụ, Nzuzo na Nchedo Data: Ọrụ Pụrụ Iche nke Data Genetic 11. Ikpe ngwụcha ruo ngwụcha: Njem dị iche iche site na nchọpụta gaa na mkpesa ụlọ ọgwụ
Nkeji 3 / 11

Ntụgharị asụsụ dị iche iche: Ọrịa nje sitere na VCF, Nhọpụta HGVS, yana akara ACMG

Uru:

  • Ikike ịghọta usoro VCF, ọkwa HGVS (c./p./g.) na njirisi nje pathogenicity ACMG yana ọgụgụ isi na-emepụta ihe akaebe.
  • Ikike iji chọpụta ihe akaebe ACMG ọ bụla (ugboro ọnụọgụ, na silico, nkewa, akwụkwọ) na isi mmalite dị ka ClinVar na gnomAD
  • Ikike itinye ụkpụrụ nke ijide ụdị genome na ịhazi njehie sistemu yana ịghara ịhapụ nhazi nke pathogenicity ikpeazụ na ọgụgụ isi.

Mkpụrụ ndụ ihe nketa nke mmadụ dị iche na ntụnye aka n'ọtụtụ nde isi; Ọtụtụ n'ime ọdịiche ndị a adịghị njọ ("benign"), ole na ole na-ebute ọrịa ("pathogenic"). Nkọwa dị iche iche bụ ọrụ nke ikpebi klaasị nke ọdịiche dabara na bụ obi nke mkpụrụ ndụ ihe nketa ụlọ ọgwụ. Na ngalaba a, ị ga-amụta ka esi eji ọgụgụ isi mmadụ (AI) dị ka mkpokọta ihe akaebe, na-achịkọta na idepụta onye enyemaka na nkọwa dị iche iche; ma ị ga-amụta ihe mere ikpeazụ pathogenicity mkpebi kwesịrị mgbe niile n'okpuru ọkachamara nkwado.

Ịdọ aka ná ntị dị egwu nke mbụ: Jụọ AI "nke a ọ bụ ọrịa nje?" Ekwela ntụkwasị obi na azịza otu okwu ị jụrụ. AI nwere ike iji obi ike kwuo otu klas na-enweghị ihe akaebe; nwere ike dabara ọnụọgụ ọnụọgụgụ nke ụdị dị iche iche, ndekọ ụlọọgwụ gara aga, ma ọ bụ ọmụmụ ihe arụrụ arụ. Ụzọ ziri ezi bụ iji AI wulite usoro ihe àmà na n'onwe ya nyochaa mpempe akwụkwọ ọ bụla na isi mmalite.

Echiche ndị bụ isi

  • VCF (Ụdị Oku dị iche): Ọkpụkpọ faịlụ ọkọlọtọ nke depụtara ụdị dị iche iche na nlele; Ahịrị ọ bụla na-ebu chromosome, ọnọdụ, ntọala ntụaka, ntọala ọzọ na ozi ịdị mma.
  • Nkọwa HGVS: Ọkpụrụkpụ ederede nwere ụdị dị iche iche. c. ọnọdụ ya n'usoro koodu, p. mgbanwe protein, g. Na-egosi ọnọdụ genomic. Ọmụmaatụ NM_000546.6:c.743G>A na p.Arg248Gln.
  • gnomAD: Ebe nchekwa data na-anakọta frequencies dị iche iche nke narị puku kwuru puku mmadụ; Ọ na-egosi otú ụdị dị iche iche si dị n'ime ọha mmadụ. Ụdị dị iche iche a na-ahụkarị anaghị abụkarị ọrịa.
  • ClinVar: nchekwa data ọha na-anakọta nkọwa ụlọ ọgwụ dị iche iche.
  • Usoro ACMG/AMP: Usoro ihe akaebe nke American College of Medical Genetics nke na-ekewa ọdịiche n'ime klaasị ise: pathogenic, eleghị anya pathogenic, Variant of Uncertain Significance (VUS), ikekwe Benign, Benign.

Koodu akaebe ACMG: eserese dị nkenke

Usoro ACMG na-akọwapụta koodu akaebe na ntụziaka pathogenic (PVS, PS, PM, PP) na n'ụzọ dị mma (BA, BS, BP); Ndị a na-agbakọta ọnụ iji chọpụta klas. AI dị mma n'ịkọwa ihe koodu ndị a pụtara, mana ị ga-enyocharịrị data nke etinyere koodu n'ezie.

Koodu

Pụtara (nchịkọta)

Ebe ị ga-enyocha isi iyi

PVS1

Ihe akaebe siri ike na-eduga na enweghị ọrụ (dịka nkwụsị n'oge)

Transcript, ngalaba, mmekọrịta ọrịa mkpụrụ ndụ ihe nketa

PS1/PS3

Otu amino acid/ihe ọmụmụ na-arụ ọrụ dị ka pathogenic amaara

ClinVar, akụkọ na-arụ ọrụ nke ndị ọgbọ nyochara

PM2

Ọ dị ụkọ/adịghị adị na ọnụ ọgụgụ mmadụ

ugboro gnoAD

PP3/BP4

Amụma mgbakọ na mwepụ na pathogenic / beign direction

Ngwa atụmatụ (nkwekọrịta)

BA1/BS1

Ugboro dị oke elu ka ọ bụrụ nje

ugboro gnoAD

BP6/PP5

(Akwaghị akwadoro) ịdabere na nkọwa onye ọzọ

-

NDỤMỌDỤ: Mkpebi PM2 (nke dị ụkọ) na BA1/BS1 (nkịtị) na-adabere kpọmkwem na ugboro gnomAD ma bụrụ ihe akaebe kacha dị mfe nkwenye. Hụ variant mbụ na gnomAD; Ụdị dị iche iche juru ebe niile na ihe karịrị 1% nke ndị bi na ya nwere ike ọ gaghị ebute ọrịa.

Nzọụkwụ site na nzọụkwụ: Ntụgharị nkọwa dị iche iche enyere AI aka

1. Idozi variant ka ọkọlọtọ notation. Kọwaa ụdị genome, transcript, na nnọchite anya HGVS. Ọdịiche sitere na AI ma c. abụọ p. ha abụọ g. , wee gosi ya na nkwado (dị ka VariantValidator).

2. Mee ka AI wuo usoro ihe akaebe. Maka koodu ACMG ọ bụla, "kedu data m kwesịrị ile anya?" Nwee AI zaa ajụjụ a - mana akọwapụtala klas ahụ.

3. Chọpụta ihe akaebe ọ bụla na isi mmalite. ugboro gnomAD, ndekọ ClinVar, ọmụmụ ọrụ - mepee ma gụọ ha niile n'onwe gị. Lelee nkwupụta AI "adịghị na gnomAD" site na ịchọ ya na gnomAD.

4. Jikọta koodu ma wepụ klas. Draft ACMG nchikota iwu na AI; Ma ka ọkachamara kwadoro klas ikpeazụ.

5. Kwuo VUS n'eziokwu. Ọ bụrụ na ihe akaebe ezughị oke, klaasị ahụ bụ "Ihe a na-ejighị n'aka"; Ọ bụ mmejọ ịkwanye ya dị ka pathogenic ma ọ bụ benign.

Obere ikpe atọ

Ikpe 1 - ugboro emebere. Otu ọkachamara jụrụ AI gbasara ugboro ole gnomAD dị iche iche; "0.002%," AI kwuru. Mgbe ọkachamara ahụ lere ya anya na gnomAD n'onwe ya, ọ chọpụtara na ugboro ole nke ụdị dị iche iche bụ 1.3% - nke pụtara ihe akaebe maka BS1 (siri ike na ntụziaka dị mma) dị irè na ọdịiche ahụ nwere ike ghara ịdị njọ. Obere ugboro dị ala nke AI rụrụ mere ka ụdịdị ahụ yie ihe na-adịghị ahụkebe.

Ikpe 2-Ọmụmụ ihe gbasara ọrụ Sham. Onye nyocha chọrọ mejuputa PS3 (ihe akaebe na-arụ ọrụ) maka ụdị dị iche iche; AI nyere siteline akụkọ na-ekwenye ekwenye. Mgbe onye nyocha ahụ nyochara na PubMed, ọ chọpụtara na ọ nweghị akụkọ dị otú ahụ. Echiche ụgha ga-adaba n'usoro ihe àmà.

Ikpe 3 - Nkwenye nwetara. Onye ndụmọdụ mkpụrụ ndụ ihe nketa tụleghachikwara ụdị "nwere ike ịkpata ọrịa" na AI. YZ rụtụrụ aka n'okwu ndị na-emegiderịta onwe ha agbakwunyere na ClinVar; Onye ndụmọdụ ahụ meghere ClinVar, hụ na ụlọ nyocha abụọ achọpụtala ụdị dị iche iche na VUS, wee melite akụkọ ahụ. N'ebe a, AI nyere aka site n'ichetara anyị mmelite nke nwere ike ọ gaghị achọpụta - mana ọzọ, mmadụ mere mkpebi ahụ.

Ndebiri anọ enwere ike iṅomi

1) Ịmepụta usoro ihe akaebe (na-emeghị ka klas ahụ kwuo):

Ọrụ gị: onye enyemaka nkọwa variant clinical. Hazie ihe akaebe ACMG/AMP maka ụdịdị ndị a: [ụdị genome, transcript, HGVS]. Maka koodu akaebe ọ bụla nwere ike (PVS1, PS1-4, PM1-6, PP1-5, BA1, BS1-4, BP1-7) "kedu data m kwesịrị ile anya, kedu isi mmalite, iji tinye nke a?" Dee. Asịla klaasị YET; naanị depụta ihe data achọrọ.

2) Atụmatụ nkwenye gnomAD/ClinVar:

Dee nzọụkwụ site nzọụkwụ ihe m kwesịrị ịchọ na gnomAD na ClinVar maka ụdị dị iche iche a: [variant]. Kọwaa ọnụ ụzọ ọnụọgụ ọnụọgụgụ ndị mmadụ kwekọrọ na koodu ACMG. Ị na-adịghị mejupụtara ụkpụrụ; gwa m ebe m ga-achọta ya.

3) Ndepụta klaasị (nke m kwadoro):

Enyere m ihe akaebe a kwadoro: [PM2 dị ugbu a, PP3 dị ugbu a, BS1 adịghị adị ...] .Draft the kwe omume klas na izi ezi dị ka ACMG nchikota iwu. Enwere onwe gị ịsị "VUS" ma ọ bụrụ na ihe akaebe ezughị oke. M ga-akwado mkpebi ikpeazụ.

4) Akwụkwọ akụkọ:

Tụgharịa asụsụ nkewa ndị a ka ọ bụrụ paragraf akụkọ n'asụsụ dị larịị dabara adaba maka onye ọrịa na dọkịta: [iche, klas, ihe akaebe isi]. Adịla ikwubiga okwu ókè n'ikwu eziokwu; ọ bụrụ na ejighị n'aka, kwupụta ya nke ọma. Gaa na ọkachamara maka mkpebi ụlọ ọgwụ.

Ngwa ngwa adịghị ike / Ike siri ike

Adịghị ike: "TP53 c.743G> ọ bụ ihe na-akpata ọrịa?"

Nsogbu: Enweghị ụdị genome / transcript, enweghị ihe akaebe achọrọ, AI nwere ike ịgwa klas ahụ naanị ma mejupụta ugboro ole.

siri ike: "Tụlite usoro ihe akaebe ACMG maka GRCh38, TP53 NM_000546.6:c.743G>A (p.Arg248Gln); gwa m ihe m ga-achọ na isi mmalite maka koodu ọ bụla, uru bara uru, depụta klas ahụ mgbe m kwadoro ya."

Ihe mere o ji dị ike: Ihe ndị gbara ya gburugburu doro anya, ụzọ ihe àmà na-emeghe, ebe a na-emepụta ihe dị warara, mkpebi dị n'aka onye ahụ.

Mmejọ ndị nkịtị

  • Ịdabere na azịza ọrịa nje otu okwu. Klas nyere na-enweghị usoro ihe akaebe abaghị uru.
  • Ọdịda ịchọpụta ugboro na njirimara. Enwere ike ịmegharị ugboro gnomAD na ngụ edemede; Mepee ya n'onwe gị.
  • Ịzere VUS. Ịsị "pathogenic/benign" mgbe ihe akaebe ezughị ezu bụ njehie ụlọ ọgwụ.
  • Ụdị genome/ngbanwe transcript. Ederede na-ezighi ezi, ezighi ezi c. Ọ pụtara ebe.
  • Mwụpụ mmelite ClinVar. Nkọwa na-agbanwe ka oge na-aga; Lelee ndekọ kacha ugbu a.
Akpachara anya: Ijikọta koodu ACMG dabere na iwu mana ọ chọrọ mkpebi ndị ọkachamara; Otu ihe akaebe nwere ike ibu ibu dị iche iche n'ụdị ọrịa mkpụrụ ndụ ihe nketa dị iche iche. Ngwakọta AI bụ ụkpụrụ, ọ bụghị okwu ikpeazụ.

Omimi: ịgụ nke ọma ahịrị VCF na ọnụ ụzọ ugboro

Ọbụna otu ahịrị dị na faịlụ VCF nwere ọtụtụ ọnyà. Ahịrị ọmụmaatụ: 17 43091983 . G A 60 PASS AF=0.0003;DP=45 GT:AD 0/1:22,23 . Ị nwere ike ịnweta AI kọwapụta ubi ebe a, mana kwado isi ihe atọ n'onwe gị. Nke mbụ, kedụ ụdị genome nke ụzọ chromosome-ọnọdụ dị? Otu ụdịdị ahụ pụtara n'ebe dị iche na GRCh37 na GRCh38; Na-akọwapụtaghị ụdịdị ahụ, ọnọdụ enweghị isi. Nke abụọ bụ ngalaba GT (genotype): 0/1 heterozygous, 1/1 homozygous; N'ime ọrịa mgbagha, otu ụdị heterozygous naanị abụghị nkọwa. Nke atọ, DP (gụọ omimi) na AD (allele omimi): omimi dị ala (dịka DP = 8) na-eme ka oku dị iche iche na-ajụ ajụjụ; Usoro ahụ nwere ike ịbụ ezigbo ụgha. AI na-akọwa mpaghara ndị a n'ụzọ nkịtị, mana "oku a ọ̀ bụ ntụkwasị obi?" Mkpebi bụ nke gị.

Ihe atụ pụtara ìhè nke ọnụ ụzọ ugboro: onye ọkachamara chọrọ itinye PM2 (oke ụkọ) n'ụdị dị iche iche maka ọrịa na-adịghị ahụkebe nwere ihe nketa nkwụghachi azụ. Ọgụgụ isi kwuru, "gnomAD enweghị ya, PM2 n'ezie." Mgbe ọkachamara ahụ meghere gnomAD, ọ chọpụtara na ọdịiche ahụ nwere ugboro nke 0.8% na ọnụ ọgụgụ ndị mmadụ - nke dị elu iji wepụ PM2, n'ihi na ọrịa ahụ na-agbasa. Otu ndudue a na-enwekarị bụ ileba anya n'ogo ọnụọgụgụ ọnụ ọgụgụ ndị mmadụ wee wụpụ ọnụ ọgụgụ dị nta.

ugboro Allele (ọnụọgụ mmadụ)

Okwu ACMG na-ahụkarị

ndetu

Ọ dịghị onye / dị ụkọ

Nwere ike ịkwado PM2

Leekwa anya n'obere obodo

Dị elu karịa mgbasa ọrịa

BS1 (dị ike)

Ọdịiche nke nkwụghachi azụ/isi dị mkpa

karịa 5%

BA1 (nke nwere onwe ya)

Ọ fọrọ nke nta ka ọ bụrụ ihe adịghị njọ

5) template akara akara VCF:

Kọwaa mpaghara ahịrị VCF ndị a site n'ọhịa, mana emela mkpebi a pụrụ ịdabere na ya: kọwapụta ụdị genome, GT (zygosity), ubi DP na AD iche iche. Depụta ikpe ebe oku a nwere ike bụrụ ihe a na-enyo enyo. Ahịrị: [paste].

Na nchịkọta

  • Nkọwa dị iche iche dabere na ihe akaebe; AI dị ike n'ichepụta na ichikota ihe akaebe, mana mkpebi klaasị dịịrị ọkachamara.
  • Ihe akaebe ọ bụla (mgbe gnomAD, ndebanye aha ClinVar, ọmụmụ ọrụ) ga-enyocharịrị n'onwe ya na isi mmalite.
  • Dozie variant site na ụdị genome, transcript na HGVS; Jiri onye nyocha gosi.
  • Ọ bụrụ na ihe akaebe ezughị oke, azịza n'eziokwu bụ "Ihe a na-ejighị n'aka (VUS)."

Ọrụ ngwa

Họrọ ụdị ihe atụ (dịka ndekọ amaara nke ọma sitere na ClinVar). Mee AI ka o jiri ndebiri 1 na 2 rụọ usoro ihe akaebe. Mepee ugboro gnomAD na ClinVar zaa onwe gị wee jiri ha tụnyere nkwupụta AI. Rịba ama ma enwere ọdịiche dị n'etiti AI na isi iyi na opekata mpe otu ihe akaebe ma gosi na klaasị enwere ike n'onwe gị.

ndetu

  • [ ] Eji m ụdị genome, transcript na HGVS doziri variant ahụ.
  • [] Edobere m usoro ihe akaebe, emeghị m ka AI na-ekwu klas site na mmalite.
  • [] M n'onwe m na-enyocha ugboro gnomAD.
  • [ ] Ekwenyela m na ndebanye aha ClinVar na adị ọhụrụ.
  • [] Ekwenyere m n'akwụkwọ nrụtụ aka ọrụ na PubMed.
  • [ ] Ọ bụrụ na ihe akaebe ezughị oke, egbughị m ịsị VUS wee kwado mkpebi ahụ n'onwe m.
Nke gara aga Na-esote