Uru:
- Ikike ịhọrọ ụdị ihe osise ndị bụ isi dị ka nkata mgbawa ugwu, maapụ okpomọkụ, igbe igbe/violin na PCA maka ebumnuche a.
- Ikike itinye ụkpụrụ ịkwụwa aka ọtọ dị ka axis na-amalite site na efu, nkọwa nke mmanya njehie, n ozi, na palette enwere ike ịnweta.
- Ikike iji zere eserese ndị na-eduhie eduhie na-ezochi nkesa, belata axis, ma chọọ data ahụ mma.
Nchoputa ndu, n'agbanyeghi otu o siri di mkpa, enweghi ike ighota ma oburu na eleghi ya anya nke oma. N'otu oge ahụ, eserese ọjọọ ma ọ bụ nke na-eduhie eduhie nwere ike ịkọwapụta data ahụ; Nke a bụ ma nsogbu ụkpụrụ omume na mmejọ sayensị. N'ime nkeji a, anyị ga-atụle ụdị eserese ndị a na-ejikarị na bayoloji, otu esi emepụta ha ngwa ngwa na ọgụgụ isi, yana ihe ị ga-aṅa ntị iji hụ na eserese ahụ bụ eziokwu.
AI na-emepụta atụmatụ mgbasa ozi dị mma na sekọnd na matplotlib / koodu mmiri; mana ọ bụ ọrụ gị ikpebi ma eserese ahụ na-anọchite anya data ahụ nke ọma.
Ụdị eserese ndị bụ isi na bayoloji
- Ibé ugwu mgbawa: Ntụle nha mmetụta (log2FC) na mkpa (-log10 p) n'okwu dị iche. Na-egosi mkpụrụ ndụ ihe nketa gbanwere na nlele.
- Heatmap: Usoro ngosipụta nke ọtụtụ mkpụrụ ndụ ihe nketa/nlere na agba. Ọ na-ekpughe ụkpụrụ site na nchịkọta.
- Igbe igbe / violin: Tụnyere nkesa nke otu. Ọ bụ eziokwu karịa nkezi mmanya n'ihi na ọ na-egosi mgbasa.
- Chaatị PCA: Mbelata data dị elu gaa n'akụkụ abụọ na igosi nchịkọta nke nlele (nyocha ihe ndị bụ isi).
- Osisi Phylogenetic: Na-egosi mmekọrịta evolushọn nke ụdị/usoro site na alaka alaka.
- Usoro nlanarị (Kaplan-Meier): Na-egosi ihe gbasara omume (dịka, ọnwụ) ka oge na-aga.
NDỤMỌDỤ: Chaatị mmanya dị mfe echere na nke a na-eduhiekarị na bayoloji n'ihi na ha na-ekpuchi isi data na nkesa onye ọ bụla. Ọ bụrụ na ọ ga-ekwe omume, họrọ igbe igbe ma ọ bụ "beeswarm" nke na-egosikwa ntụpọ. Ọ bụrụ na isi data dị ole na ole, gosi ha niile.
Ụkpụrụ eserese na-akwụwa aka ọtọ
- Ka axis malite na efu (karịsịa na chaatị mmanya); akpị ahụ gbajiri agbaji na-ekwubiga okwu ókè.
- Ezipụta ihe mmanya njehie bụ: ndahie ọkọlọtọ, njehie ọkọlọtọ, ma ọ bụ oge ntụkwasị obi? Ndị a dị nnọọ iche.
- Gosi n: Ego ole enwetara kwesịrị ịdị na eserese ma ọ bụ n'aha.
- Jiri palette enyi na-acha odo odo (dịka viridis); Atụkwasịla obi n'iche na-acha uhie uhie-acha ndụ ndụ.
- Emela ka data ahụ maa mma: Ihichapụ ihe dịpụrụ adịpụ, ịkwagharị axis, ma ọ bụ naanị igosi nkwughachi mara mma bụ omume ọjọọ nke sayensị.
Nzọụkwụ site nzọụkwụ: imepụta chaatị mgbawa ugwu
- Kwadebe data: tebụl nwere gen, log2FC, padj kọlụm.
- Mgbanwe: Gbakọọ -log10(padj) maka y-axis.
- Tọọ ụzọ: |log2FC|>1 na padj<0.05.
- Agba ya: elu, ala, atọ enweghị isi.
- Label: Kpọọ ole na ole (ọ bụghị ihe niile) nke mkpụrụ ndụ ihe nketa kacha ike.
- Aha na axis: Kpochapụ akara, n ozi, nkọwa ọnụ ụzọ.
Ndebiri ozugbo enwere ike iṅomi
Ọrụ: Ị bụ onye enyemaka nhụta sayensị. Ọrụ: Sepụta atụmatụ mgbawa ugwu site na tebụl m dị iche iche (gen, log2FC, padj). Ọnụ ụzọ: padj<0.05 na |log2FC|>1. Na-agba agba atọ ndị a ma kpọọ mkpụrụ ndụ ihe nketa iri kacha mkpa. Palette enyi na-acha isi awọ, akara axis doro anya, tinye ozi na nkụnye eji isi mee. matplotlib, àgwà mgbasa ozi. Koodu kwuru.
See eserese okpomọkụ: ahịrị bụ mkpụrụ ndụ ihe nketa 50 kacha agbanwe agbanwe, ogidi bụ ihe atụ. Jiri Z-score mee nhazigharị ahịrị, gbakwunye ụyọkọ usoro, jiri palette viridis. Gosi otu ihe atụ nwere eriri agba.
Kọwaa ma ogwe mperi dị na eserese m kwesịrị ịbụ ndahie ọkọlọtọ ma ọ bụ njehie ọkọlọtọ, dabere na ebumnuche nnwale ahụ. Kọwaa ihe dị iche n'etiti ha abụọ na nsonaazụ nke ịhọrọ nke na-ezighi ezi.
Mee ka chaatị mmanya a bụrụ eziokwu: tinye isi data nke ọ bụla n'elu, malite axis na efu, gosi n. Koodu dị: [koodu]
Ngwa ngwa adịghị ike / Ike siri ike
Adịghị ike: "Kpeepụta mkpụrụ."
siri ike: "Nwee data ọrụ enzyme maka otu 4 (n = 8 ọ bụla). Sepụta eserese violin na-atụnyere otu; machie ihe data onye ọ bụla maka otu ọ bụla; gosi akara etiti; malite y-axis na efu; tinye unit na axis labels (nmol / min); jiri palette enyi na-acha odo odo. Jide n'aka na chaatị ahụ na-anọchi anya nkesa nke ọma."
Ọdịiche: Mkpesa siri ike nwere ụdị eserese, n, amụma eziokwu na otu. Ihe nlereanya ahụ na-emepụta eserese nke na-enye ihe ọmụma, ọ bụghị nke na-eduhie eduhie.
Obere ikpe atọ
Ikpe 1 - Axis gbajiri agbaji: N'otu ihe ngosi, e mere ọdịiche dị n'etiti 3% dị n'etiti otu abụọ ka ọ dị ukwuu site na ịpịnye axis n'etiti 95-100. Mgbe AI malitere axis site na ọkọ, ọ tụgharịrị na ọdịiche ahụ dị ntakịrị. Ihe nkuzi: njikwa axis na-eduhie onye na-ekiri ya.
Ikpe 2 - Nkesa zoro ezo: chaatị mmanya gosiri otu abụọ "dị nnọọ iche"; ma mgbe agbakwunyere isi ihe ndị ahụ, a hụrụ na otu ndị ahụ na-agbakọta ruo n'ókè dị ukwuu, na ọdịiche ahụ sitere na isi ihe ole na ole. Mgbe ihe nlereanya ahụ tụrụ aro ịgbakwunye isi ihe, ezigbo akụkọ pụtara. Ihe nkuzi: eserese nke na-ezochi ụgha nkesa.
Ikpe 3 - Nsogbu agba agba: A na-ese map okpomọkụ na palette na-acha uhie uhie; Ihe dị ka 8% nke ndị na-ege ntị (ndị nwoke na-acha odo odo) enweghị ike ịhụ ọdịiche ahụ. Mgbe m gbanwere na palette Viridis, chaatị ahụ ghọrọ ihe a na-agụ maka onye ọ bụla. Ihe nkuzi: pallet nwere ike ịnweta kwesịrị ịbụ ọkọlọtọ.
ntụnyere chaatị
Ebumnuche
adabara eserese
A ga-ezere
okwu di iche
ugwu mgbawa
raw p ndepụta
Nkesa otu
igbe/violin+ ntụpọ
osisi dị larịị
ụkpụrụ mkpụrụ ndụ ọtụtụ
Maapụ okpomọkụ (ụyọkọ)
ogologo tebụl
Nchịkọta mkpokọta
PCA
-
oge-omume
Kaplan-Meier
nkezi mmanya
Mmejọ ndị nkịtị
- Truncated axis: ikwubiga okwu ókè.
- Zoo nkesa: Gosi naanị nkezi mmanya.
- Na-akọwaghị mmanya njehie: SD/SE/GA mgbagwoju anya.
- Na-akọwaghị n: Onye na-agụ enweghị ike ịtụle ntụkwasị obi.
- Agba enweghị ike ịnweta: Ewezuga ndị kpuru isi agba nwere palette na-acha uhie uhie.
- Mma data: Nnọchite anya nhọrọ bụ omume ọjọọ nke sayensị.
Ntị: Nhazi ọ bụla nke eserese nke na-eme ka data ahụ dị iche karịa ka ọ dị (ịcha axis, na-ezobe ihe na-apụ apụ, nkwughachi nhọrọ) bụ mmebi nke iguzosi ike n'ezi ihe sayensị. AI nwere ike iji teknụzụ mepụta eserese “mara mma”; mana ọ bụ ọrụ gị ịhụ na eserese ahụ na-anọchite anya data ahụ nke ọma.
Osisi Phylogenetic na eserese mmekọrịta
Ọhụụ akọwapụtara na bayoloji bụ osisi phylogenetic, nke na-egosi mmekọrịta evolushọn nke ụdị ma ọ bụ usoro. Ụkpụrụ ngalaba na-egosi njikọ, na ogologo alaka na-egosi ọnụọgụ mgbanwe. AI na-ede koodu nke na-ewu osisi site na nhazi usoro (dịka ya na Biopython Phylo ma ọ bụ ete3) ma dọta osisi ahụ n'ụdị a na-agụ. Otú ọ dị, e nwere ọnyà abụọ na nkọwa osisi: ileghara ogologo alaka ụlọ ọrụ anya ma na-ele anya naanị alaka ụlọ ọrụ, ma ọ bụghị ịkọwa akpụkpọ ụkwụ (uru nke na-egosi otú alaka ahụ si bụrụ ntụkwasị obi). Alaka nwere nkwado dị ala ezughi oke ikwu ezi nwanne.
See osisi phylogenetic site na usoro dabara adaba. Gosi ogologo alaka ụlọ ọrụ ka ọ dị elu, gbakwunye ụkpụrụ nkwado bootstrap na ọnụ, kaa akara alaka nwere nkwado dị ala n'okpuru 70%. Jiri nlezianya bịaruo alaka nkwado dị ala mgbe ị na-atụgharị osisi.
Tebụlụ nwere eserese: nke mgbe
Ọ bụghị data ọ bụla chọrọ eserese. N'ebe ọnụ ọgụgụ ziri ezi dị mkpa (dịka ọmụmaatụ kpọmkwem ụkpụrụ nke otu dị iche iche, nsonaazụ ndekọ ọnụ ọgụgụ) tebụl a haziri nke ọma dị elu karịa eserese. Chaatị ahụ na-egosi ụkpụrụ na ntụnyere; Tebụl na-enye ọnụ ahịa ziri ezi. Mgbe a jụrụ ya na ọgụgụ isi, "ọ ga-egosipụta data a dị ka eserese ma ọ bụ tebụl?" na ịrịọ maka izi ezi na-ewusi nkwupụta gị ike.
N'ikpeazụ, chaatị ahụ kwesịrị ịkọwa onwe ya. Onye na-agụ kwesịrị inwe ike ịghọta ihe egosipụtara naanị site n'ile anya na eserese na aha ya n'agụghị ederede: a ga-ede aha axes na nkeji, a ga-akọwa otu dị iche iche, n kwesịrị ịkọwapụta, mkpa ndekọ ọnụ ọgụgụ kwesịrị akara. Jụọ AI eserese gị "ọ nwere aha ya na mkpado ya nwere onwe ya?" Inwe nyocha ya bụ ezigbo nlele ikpeazụ.
Chaatị dị njikere ibipụta: nkọwa teknụzụ
Enwere ụfọdụ nkọwa teknụzụ na-ewere eserese site na ịchọ mma na ihuenyo iji rụọ ọrụ na mgbasa ozi, AI nwere ike ịgbakwunye ndị a na koodu. Nke mbụ, mkpebi: akwụkwọ akụkọ na-achọkarị mkpebi dị elu (300 DPI na n'elu) ma ọ bụ usoro vector (PDF, SVG); Nke a na-eme ka o doo anya na eserese anaghị agba nchara n'akwụkwọ. Nke abụọ bụ nha font: mkpado nke enwere ike ịgụ na ihuenyo nwere ike ghara ịgụ ya mgbe ọ na-ebelata na ibe akụkọ; axis na akara akara kwesịrị imezi ya nke ọma. Nke atọ, nkwụsi ike: iji otu koodu ntinye agba (dịka, njikwa mgbe niile na-acha ntụ ntụ, ọgwụgwọ mgbe niile na-acha anụnụ anụnụ) n'ofe eserese niile n'otu ọmụmụ ihe na-egbochi onye na-agụ ya ịmegharị eserese ọ bụla. Ị nwere ike ịgbakwunye nkọwa ndị a n'otu nzọụkwụ site n'ịgwa ọgụgụ isi "mee ka eserese a dị njikere maka mbipụta: 300 DPI, mmepụta vector, nnukwu font size, palette agba na-agbanwe agbanwe".
Kwadebe chaatị m maka mbipụta: 300 DPI ma chekwaa dị ka vector (PDF), mụbaa axis na akara akara ka ọ bụrụ nha a na-agụ, tinye palette agba na-agbanwe agbanwe n'ofe ọsọ dum (njikwa = isi awọ, ọgwụgwọ = acha anụnụ anụnụ). Nye koodu kwuru na matplotlib.
Na nchịkọta
Eserese sayensị dị mma na-egosiputa data ma n'ụzọ doro anya na n'eziokwu. Ibé ugwu mgbawa, maapụ okpomọkụ, igbe igbe/violin na PCA bụ ngwaọrụ bụ isi nke bayoloji. AI na-ede ngwa ngwa koodu maka eserese ndị a, mana ọ bụ ọrụ gị ịgbaso ụkpụrụ nke ịkwụwa aka ọtọ dị ka ịmalite axis na efu, na-egosi nkesa, ịkọwapụta mmanya njehie, ịkọwa n, na palette enwere ike ịnweta. Eserese mara mma abụghị eserese eziokwu.
Ọrụ ngwa
Site na ntinye data ị nwere (ma ọ bụ ihe nlele), mee ka AI mepụta chaatị abụọ: nkata violin / igbe nwere data data na-egosi nkesa otu, na mgbawa ugwu sitere na tebụl okwu dị iche. Na ha abụọ, malite axis site na efu (ọ bụrụ na ọ dabara adaba), tinye n na aha, jiri palette enyi na-acha odo odo. Mgbe ahụ jụọ ihe nlereanya ahụ ka ọ mepụta ụdị "na-eduhie eduhie" na "eziokwu" nke otu chaatị mmanya ma kọwaa ihe dị iche.
ndetu
- [] M họọrọ ụdị chaatị dị ka data na ebumnuche siri dị.
- [] Emeela m axis nke ọma site na ọkọ.
- [] Egosiri m ihe nkesa / data, ọ bụghị naanị nkezi.
- [ ] A kọwapụtara m ihe mmanya njehie bụ (SD/SE/GA).
- M gbakwunyere [] n ozi na eserese ahụ.
- [] M na-eji palette enyi na-acha odo odo ma emebeghị m data ahụ mma.