Uru:
- Ikike ikewapụ ọrụ nkewa na nkewa wee họrọ ngwaọrụ ejikere nke ọma (Celpose, StarDist, MegaDetector) maka nke ọ bụla.
- Ikike ịwepụta nha ndị a pụrụ ịdabere na ya site na onyonyo site n'itinye nhazi nha na nyocha akwụkwọ ntuziaka
- Ghọta mkpa ọ dị iduzi amụma akara ntụkwasị obi dị ala na nkwado mmadụ wee kwado ihe nlereanya na mpụga nkesa ọzụzụ.
Nkà mmụta ihe ọmụmụ bụ sayensị anya: mkpụrụ ndụ n'okpuru microscope, colonies na efere petri, anụmanụ na igwefoto ọhịa, ọrịa ntụpọ na akwukwo. Ịgụ, ịtụ na nhazi onyonyo ndị a bụbu ọrụ na-agwụ ike na nke onwe nke were ọtụtụ awa. Ọgụgụ isi, ọkachasị mmụta miri emi (nkọwa ụkpụrụ na netwọkụ akwara akwara dị iche iche) ụdị onyonyo dabere, agbalitela ma hazie ọrụ a. N'ime nkeji a, anyị ga-atụle otu esi eji ọgụgụ isi arụ ọrụ na nyocha ihe onyonyo ndu, ngwaọrụ emebere na ihe nkwado chọrọ.
Ịdọ aka ná ntị site na mmalite: ihe nlereanya nwere ike "ịghọta" cell ma ọ bụ ụdị, ma ọ nwekwara ike na-aghọtahie; anya mmadụ na nkwenye akara n'ezie dị mkpa maka mkpebi siri ike.
Ụdị ọrụ ngosi abụọ
- Nkeji: ikewapụ na ịgụta ihe (sel, nuclei) na pikselụ onyonyo site na pikselụ. Ihe atụ ngwaọrụ: Cellpose, StarDist. "Ụdị cell ole dị na foto microscope a na ole ka nke ọ bụla buru ibu?"
- Nhazi/nchọpụta: Ịgwa ihe dị na onyonyo a ma ọ bụ ịchọta ebe ọ nọ. Ọmụmaatụ: ịmata ụdị dị na foto ọnyà igwefoto (iNaturalist, MegaDetector), na-ekewa ma akwukwo nwere ọrịa ma ọ bụ na ọ nweghị.
Ọrụ abụọ a chọrọ ngwaọrụ dị iche iche. Ọgụgụ isi (LLM) na-enyere gị aka ịhọrọ ngwá ọrụ ziri ezi, dee ntinye na koodu oku, wee kọwapụta mmepụta.
Ndụmọdụ: Na nyocha onyonyo, ọtụtụ oge ịkwesighi ịzụ ihe nlereanya site na ọkọ. Ngwá ọrụ a zụrụ azụ dị ka Cellpose na-arụ ọrụ ozugbo na ọtụtụ ụdị cell. Gbalịa ngwa ngwa dị njikere mbụ; mana jiri aka gosi nsonaazụ ya n'ọtụtụ onyonyo.
Nzọụkwụ site na nzọụkwụ: na-agụta mkpụrụ ndụ na foto microscope
- Kwadebe ihe oyiyi: nkwalite na-agbanwe agbanwe, ọkụ; rịba ama usoro faịlụ (TIFF, wdg).
- Nhazi nha: Mara ole micrometer kwa pixel (dị mkpa maka nha nha).
- Họrọ ngwá ọrụ nkewa: StarDist ma ọ bụrụ isi ntụpọ; Cellpose maka cytoplasm.
- Gbaa ọsọ: Gbalịa ngwaọrụ na onyonyo.
- Nyochaa na aka: Tulee mkpụrụ ndụ ihe atụ ahụ na foto n'ezie; Gụkọta sel ndị ejikọtara/agbaghara.
- Batch: Ọ bụrụ na nkwado na-eju afọ, tinye na nhazi niile.
- Akụkọ: Ọnụ ọgụgụ nke mkpụrụ ndụ, nkesa nha; Usoro akwụkwọ na izi ezi.
Ndebiri ozugbo enwere ike iṅomi
Ọrụ: Ị bụ onye enyemaka nyocha ihe ndụ ndụ. Ọrụ: Dee koodu Python nke na-ekewa ma na-agụ mkpụrụ ndụ n'ime foto microscope na Cellpose. Ntinye: image.tif, otu ọwa. Mmepụta: ọnụọgụ cell na nhụta ihe nkpuchi. Nye koodu ọrụ yana nkọwa ma kwado nhọrọ nlereanya.
Kedu ka m ga-esi kwado mmepụta nkewa m? Tụnye usoro na metrik (nkenke, cheta, F1) iji tụnyere ọnụọgụ sel nke ihe nlereanya ahụ chọtara na nlele m jiri aka gụkọọ. Dee koodu.
Kọwaa usoro ọrụ MegaDetector maka ịchọpụta anụmanụ na foto ọnyà igwefoto m. Kọwaa oge na-echekwa oge yana ihe egwu nke adịghị mma na iwepu okpokolo agba oghere.
Dee koodu nke na-eme ntụgharị pixel-na-micrometer na ozi mmanya ọnụ ọgụgụ wee gbakọọ mpaghara sel ọ bụla na micrometers square. Nhazi: [X] pikselụ = [Y] micrometer.
Ngwa ngwa adịghị ike / Ike siri ike
Adịghị ike: "gụọ mkpụrụ ndụ dị na foto a."
Ike: "Enwere m ihe oyiyi nuclei nwere ntụpọ DAPI (TIFF, otu ọwa, 2048x2048, ọnụ ọgụgụ 0.32 µm/pixel). Dee koodu nke akụkụ na gụọ nuclei na ihe nlereanya 2D nke StarDist a zụrụ azụ, na-enye mpaghara nke ọ bụla nucleus na square micrometers na 3 ziri ezi na-agbakwụnye ihe oyiyi.
Ọdịiche: Mkpesa siri ike nwere ụdị onyonyo, eserese, mkpebi, ọnụ ọgụgụ na atụmatụ nkwenye. Ihe nlereanya na-eji ngwá ọrụ ziri ezi na ọnụ ọgụgụ ziri ezi.
Obere ikpe atọ
Ikpe 1 - Mkpụrụ ndụ mgbagwoju anya: Nwa akwụkwọ gụrụ mkpụrụ ndụ 400 n'ime ihe oyiyi anụ ahụ siri ike na Cellpose; Mgbe m ji aka gụọ ya, ọ bịara bụrụ 560. Ihe nlereanya ahụ jikọtara mkpụrụ ndụ na-emetụ ibe ha aka dị ka otu cell. AI tụrụ aro ka ịgbanwee oke dayameta cell na ịgbanwe ụzọ mgbaba; Ọnụọgụ ahụ ruru 545. Ihe ọmụmụ: gbanwee paramita dị ka ezigbo onyonyo si dị.
Ikpe 2 - Mgbagwoju anya ụdịdị: N'ime ihe omume gburugburu ebe obibi, nnabata ụdị akpaaka na-akpado nkịta ọhịa ugboro ugboro dị ka “nwamba” n'ihe onyonyo abalị. Ihe nlereanya ahụ kọwara na obere ọkụ na enweghị aha na data ọzụzụ nwere ike ime ka njehie a; Ndị otu ahụ zigara mkpado ndị na-edoghị anya na nkwado mmadụ. Ihe nkuzi: ọ bụrụ na akara ntụkwasị obi ihe nlereanya dị ala, nkwenye mmadụ bụ iwu.
Ikpe 3 - Njehie ọnụ ọgụgụ: Onye nyocha kọrọ mpaghara cell na pikselụ mana chefuru ịtụgharị na micrometers; Ihe si na ya pụta ekwekọghị n'akwụkwọ. Mgbe ọgụgụ isi na-arụ ọrụ gbakwunyere nzọụkwụ mmezi, ụkpụrụ ndị ahụ dabara n'ime oke ezi uche dị na ya. Ihe nkuzi: ntụgharị nke otu anụ ahụ dị oke mkpa.
ntụnyere chaatị
Achọ
ụgbọ ala dabara adaba
metric nkwenye
Isi ngalaba
StarDist
F1 nwere ọnụ ọgụgụ akwụkwọ ntuziaka
Oke cytoplasm/sel
cellpose
IoU (ọnụego ndakọrịta)
njirimara ụdị (anụ ọhịa)
MegaDetector/iNaturalist
Akara ntụkwasị obi + nkwado mmadụ
nhazi ọkwa ọrịa
Ụdị zụrụ nke ọma
Matrix mgbagwoju anya
Mmejọ ndị nkịtị
- Nhazi ogbe na-enweghị nkwado akwụkwọ ntuziaka: Na-agbasa njehie ihe nlereanya n'ofe data niile.
- Mwụli ọnụ ọgụgụ: Anaghị atụgharị pixel-unit ka ọ bụrụ otu anụ ahụ.
- Ịnabata amụma na ọnụ ọgụgụ obi dị ala: Ọ bụghị na-ezo aka n'ọnọdụ ndị a na-ejighị n'aka na ụmụ mmadụ.
- Hapụ paramita dị ka ndabara: Anaghị emegharị ntọala dịka dayameta cell na onyonyo a.
- Onyonyo n'èzí nkesa ọzụzụ: N'iji kpuru ìsì na-eji ihe nlereanya na ọnọdụ ọ na-ahụtụbeghị (iche agba, ụdị).
Kpachara anya: Ụdị ihe oyiyi nwere ike ịrụ ọrụ nke ọma na ihe oyiyi yiri data ọzụzụ, mana na-atụghị anya ya adịghị mma n'okpuru ọnọdụ dị iche iche (ncha ọhụrụ, ụdị ọhụrụ, microscope dị iche iche). Mgbe ị na-akwaga na ntọala data ọhụrụ, atụkwasịla ihe nlereanya ahụ n'ejighị aka kwado ya n'ọtụtụ onyonyo. Nkwenye mmadụ dị mkpa maka mkpebi dị elu dị ka ichekwa ụdị ma ọ bụ nyocha.
Site na nkewa ruo nha: gafere ọnụọgụgụ
Ịgụ mkpụrụ ndụ na-abụkarị nzọụkwụ mbụ; Ọnụ ahịa dị n'ime na-ewepụta nha gbasara ihe ọ bụla. Enwere ike gbakọọ ọtụtụ njirimara n'otu cell, dị ka mpaghara, mkpọmkpọ ebe, okirikiri, ike ọkụ ọkụ ( ole e gosipụtara akara), site na nkpuchi nkebi. Ndị ọrụ mpaghara na-arụ ọrụ na ọba akwụkwọ scikit-image na-eme nke a. AI na-ede koodu nke na-ewepụta nha ndị a wee wụsa nsonaazụ ya na tebụl; ị nwekwara ike iji otu (dịka ọmụmaatụ, "sel ndị a na-emeso ha pere mpe karịa njikwa?").
Wepụ mpaghara ahụ, gburugburu na nkezi fluorescence ike nke cell ọ bụla site na nkpuchi Cellpose nwere scikit-image regionprops. Dee nsonaazụ na CSV; Tulee otu njikwa na ọgwụgwọ n'ime igbe igbe. Tinye nhazi nha nha (µm/pixel).
Ndụmọdụ: Echefula iwepu ndabere mgbe ị na-atụle njupụta; Ụkpụrụ ike na-enweghị atụ na-adabere na ntọala microscope ma atụnyere ọ bụghị n'usoro zuru oke, mana n'okwu ndị dị n'etiti otu ndị ewerere n'otu ọnọdụ ahụ.
Mgbe ị ga-azụ ihe nlereanya: ntakịrị data, ịdepụta nke ọma
Mgbe ụfọdụ ngwaọrụ ndị na-anọghị na shelf ezughị ma ịkwesịrị ịzụ ụdị nhazi nke gị (dịka ọmụmaatụ ọrịa ọrịa). Ọnyà abụọ pụtara ebe a. Nke mbụ bụ nkwụsị data: ihe oyiyi nke otu onye / ihe nlele ahụ na-agụnye ma ọzụzụ ọzụzụ na ule ule na-eme ka ihe nlereanya ahụ yie ihe ịga nke ọma karịa ka ọ dị; mee nkewa na ọkwa onye ọ bụla. Nke abụọ bụ klaasị na-enweghị isi: ọ bụrụ na ihe nlele ndị ọrịa dị ole na ole, ihe nlereanya ahụ na-egosi izi ezi dị elu site n'ikwu "dị mma mgbe niile" mana ọ baghị uru; Lelee uche (cheta) na matriks mgbagwoju anya kama izi ezi. AI na-ede koodu ọzụzụ a, mana ọ bụ ọrụ gị ịnyagharịa ọnyà usoro ndị a.
Ogo onyonyo na nhazi
Ọganihu nke ihe ngosi ngosi dabere ozugbo na ogo onyonyo ị nyere. Onyonyo ndị na-adịghị elekwasị anya, na-egosipụta oke, dị ala dị iche iche, ma ọ bụ ndị a na-ewere dị iche iche ga-agbagha ọbụna ihe nlereanya kachasị mma. Ọ bụ ya mere nzọụkwụ tupu nhazi usoro dị mfe tupu nkewa na-emekarị ka nsonaazụ ya dịkwuo mma: mgbazi ndabere (iwepụ ahaghị nhata ọkụ), nhazi nke ọdịiche na mbelata mkpọtụ. AI na-ede koodu nhazi a (ya na scikit-image ma ọ bụ OpenCV); Ma ị na-ekpebi ihe mgbazi dị mkpa site n'ile anya na oyiyi ahụ. Nhazi nke ukwuu dịkwa ize ndụ: "ihichapụ" ihe oyiyi nke ukwuu nwere ike ihichapụ usoro ndu n'ezie wee ghọọ ịchọ mma data. Iwu bụ nke a: preprocessing kwesịrị itinye n'ọrụ na onyonyo niile n'otu ụzọ akọwapụtara, ọ bụghị ahọpụtara otu otu iji chọọ nsonaazụ ya mma.
Tinye ọkọlọtọ precessing na onyonyo mikroskopu m tupu nkewa: mmezi ndabere, mezie ọdịiche, mbelata mkpọtụ. Tinye otu paramita ahụ na onyonyo niile (ọ bụghị nhọrọ). Gosi tupu/mgbe atụnyere. Jiri scikit-onyinyo.
Na nchịkọta
Ọgụgụ isi na-echekwa oge dị ukwuu na nyocha ihe onyonyo ndu (nkewa sel, ụdị / nchọpụta ọrịa). Ngwa ndị na-anọghị na shelf dị ka Cellpose, StarDist, MegaDetector na-edozi ọtụtụ ọrụ na-enweghị ọzụzụ site na ọkọ. Otú ọ dị, a ghaghị iji aka nyochaa nsonaazụ ya, a ghaghị ịhazi ọkwa ahụ, na obere obi ike ga-eduzi ụmụ mmadụ. Ihe nlereanya ahụ enweghị ntụkwasị obi n'èzí nke nkesa ọzụzụ; Nkwenye dị mkpa mgbe ị na-akwaga na data ọhụrụ.
Ọrụ ngwa
Were foto microscope (ma ọ bụ data nlele). Mee ka ọgụgụ isi mmadụ dee ma mee koodu nke na-ekewa ma gụta mkpụrụ ndụ na Cellpose ma ọ bụ StarDist. Tulee site n'iji aka na-agụ mkpụrụ ndụ ihe atụ ahụ na-ahụ na ọ dịkarịa ala otu onyonyo; Rịba ama ole cell furu efu/jikọtara. Kpesa mpaghara cell na square micrometer site n'ịgbakwunye nhazi ọkwa.
ndetu
- [] Etinyere m ụdị onyonyo, eserese na mkpebi na ngwa ngwa.
- [] Etinyere m n'usoro nhazi ọkwa (pixel-micrometer).
- [ ] Eji m aka gosi nsonaazụ ya na opekata mpe otu onyonyo.
- [] Ana m edobe paramita nkewa dịka onyonyo a si dị.
- [] Eji m obere obi ike were zipu amụma na nkwado mmadụ.
- [] Atụkwasịghị m ihe nlereanya ahụ n'enweghị nkwenye na nhazi data ọhụrụ.