Riba:
- Ikon zaɓar ainihin nau'ikan ilimin halitta mai hoto kamar fili mai aman wuta, taswirar zafi, filin akwatin/Vilin da PCA don manufar.
- Ikon yin amfani da ƙa'idodin gaskiya kamar axis farawa daga sifili, ma'anar ma'anar kuskure, n bayani, da palette mai sauƙi
- Ability don guje wa ɓatattun jadawali waɗanda ke ɓoye rarrabawa, yanke axis, da ƙawata bayanan.
Binciken nazarin halittu, komai mahimmanci, ba za a iya fahimtar shi ba idan ba a gan shi da kyau ba. A lokaci guda, jadawali mara kyau ko ɓarna na iya ɓarna bayanan; Wannan duka matsala ce ta ɗa'a da kuma kuskuren kimiyya. A cikin wannan rukunin, za mu tattauna nau'ikan jadawali da aka fi amfani da su a ilimin halitta, yadda ake samar da su cikin sauri tare da basirar wucin gadi, da abin da ya kamata a kula da shi don tabbatar da cewa jadawali na gaskiya ne.
AI yana samar da ma'anar ingancin watsa shirye-shirye a cikin dakika tare da lambar matplotlib / teku; amma aikinku ne ku yanke shawara ko jadawali yana wakiltar bayanai daidai.
Nau'ikan zane-zane na asali a cikin ilmin halitta
- Siffar dutsen mai aman wuta: Kwatanta girman sakamako (log2FC) da mahimmanci (-log10 p) a cikin furci daban-daban. Yana nuna canjin kwayoyin halitta a kallo.
- Taswira mai zafi: ƙirar ƙirar halitta/samfura masu yawa a cikin launuka. Yana bayyana alamu ta hanyar tari.
- Makircin akwatin/violin: Kwatanta rarraba ƙungiyoyi. Ya fi gaskiya fiye da matsakaicin mashaya saboda yana nuna yaduwar.
- Taswirar PCA: Rage bayanai masu girma zuwa girma 2 da kuma nuna tari na samfurori (binciken babban abun ciki).
- Bishiyar phylogenetic: Nuna dangantakar juyin halitta na nau'in/jeri ta hanyar reshe.
- Hanyar tsira (Kaplan-Meier): Nuna yuwuwar aukuwa (misali, mutuwa) akan lokaci.
Tukwici: Sauƙaƙan sigogin mashaya da aka ƙulla akan ma'ana galibi suna yaudara a cikin ilmin halitta saboda suna ɓoye wuraren bayanan mutum da rarrabawa. Idan za ta yiwu, zaɓi filin akwatin ko “beeswarm” wanda kuma ke nuna ɗigo. Idan akwai 'yan wuraren bayanai, nuna su duka.
Ka'idodin zane-zane na gaskiya
- Bari axis ta fara daga sifili (musamman a cikin sigogin mashaya); guntun da aka yanke yana ƙara ƙarin bambanci.
- Ƙayyade abin da sandar kuskure take: daidaitaccen karkata, daidaitaccen kuskure, ko tazarar amincewa? Waɗannan sun bambanta sosai.
- Nuna n: Nawa samfuran da aka samu yakamata su kasance a cikin jadawali ko a cikin take.
- Yi amfani da palette mai launi na makafi (misali viridis); Kada ka dogara ga bambancin ja-kore.
- Kada a ƙawata bayanan: Share abin da ya wuce, motsi axis, ko nuna kyakkyawan maimaitawa kawai kuskuren kimiyya ne.
Mataki zuwa mataki: samar da ginshiƙi mai aman wuta
- Shirya bayanan: tebur tare da gen, log2FC, ginshiƙan padj.
- Canji: Lissafi -log10 (padj) don y-axis.
- Saita ƙofofin: |log2FC|>1 da padj<0.05.
- Launi shi: Sama, ƙasa, nau'i uku marasa ma'ana.
- Label: Sunaye kaɗan (ba duka) mafi ƙarfi na kwayoyin halitta ba.
- Take da axis: Share lakabin, n bayani, bayanin kofa.
Samfuran gaggawar da za a iya kwafi
Matsayi: Kai mataimaki na gani na kimiyya ne. Aiki: Zana makircin dutsen mai aman wuta daga teburin magana na banbanta (gen, log2FC, padj). Ƙaddamarwa: padj <0.05 da | log2FC|>1. Sanya nau'ikan nau'ikan nau'ikan guda uku kuma sanya alama 10 mafi mahimmancin kwayoyin halitta. palette mai launi makafi, share alamar axis, ƙara n bayani zuwa kan kai. matplotlib, ingancin watsa shirye-shirye. Lambar sharhi.
Zana taswirar zafi: layuka su ne 50 mafi yawan canjin halittu, ginshiƙai samfurori ne. Yi daidaitaccen layi tare da Z-score, ƙara tari mai matsayi, yi amfani da palette na viridis. Nuna ƙungiyoyin samfuri tare da ɗigon launi.
Bayyana ko sandar kuskure a cikin jadawali ya kamata ya zama daidaitaccen karkata ko daidaitaccen kuskure, ya danganta da manufar gwajin. Bayyana bambanci tsakanin su biyun da sakamakon zabar wanda bai dace ba.
Sanya wannan taswirar mashaya ta zama mai gaskiya: ƙara wuraren bayanan mutum ɗaya a saman, fara axis a sifili, nuna n. Akwai code: [code]
Rauni mai ƙarfi / Ƙarfi mai ƙarfi
Rauni: "Yi amfani da yawan amfanin ƙasa."
Ƙarfafa: "Ku sami bayanan ayyukan enzyme don ƙungiyoyin 4 (n = 8 kowanne). Zana taswirar violin kwatankwacin ƙungiyoyi; rufe bayanan bayanan mutum don kowane rukuni; nuna layin tsakiya; fara y-axis a sifili; ƙara naúrar zuwa alamun axis (nmol / min); yi amfani da palette mai launi mai launi. Tabbatar cewa ginshiƙi yana wakiltar rarraba daidai."
Bambanci: Ƙarfin faɗakarwa yana da nau'in ginshiƙi, n, manufofin gaskiya da naúrar. Samfurin yana samar da hoto mai hoto wanda yake da bayanai, ba mai ruɗi ba.
uku mini lokuta
Case 1 - Tsagewar axis: A cikin gabatarwa ɗaya, an sanya bambancin 3% tsakanin ƙungiyoyi biyu ya bayyana babba ta hanyar matse axis tsakanin 95-100. Lokacin da AI ya fara axis daga karce, ya juya cewa bambancin ya kasance ƙananan. Darasi: sarrafa axis yana yaudarar mai kallo.
Case 2 - Rarraba ɓoye: Taswirar mashaya ya nuna ƙungiyoyi biyu "mabambanta sosai"; amma a lokacin da aka kara maki, sai aka ga cewa kungiyoyin sun yi karo da juna sosai, kuma bambancin ya fito ne daga wasu filaye kadan. Lokacin da samfurin ya ba da shawarar ƙara maki, ainihin labarin ya fito. Darasi: ginshiƙi mai ɓoye ƙaryar rarraba.
Case 3 — Matsalar makafi: An zana taswirar zafi tare da palette ja-kore; Kusan 8% na masu sauraro (maza masu launin launi) ba su iya ganin bambancin. Lokacin da na canza zuwa palette na Viridis, ginshiƙi ya zama abin karantawa ga kowa da kowa. Darasi: palette mai isa ya kamata ya zama daidaitaccen tsari.
kwatanta jadawalin
Manufar
dace mai hoto
Don kaucewa
kalamai daban-daban
ginshiƙi mai aman wuta
raw p list
Rarraba rukuni
akwatin/violin+dige
sandar fili
Multi gene tsarin
Taswirar zafi (tari)
dogon teburi
Samfurin tari
PCA
-
lokaci-wato
Kaplan-Meier
matsakaita mashaya
Kuskuren gama gari
- Tsuntsaye axis: Ƙarfafa bambanci.
- Boye rarraba: Nuna matsakaicin mashaya kawai.
- Ba ma'anar mashaya kuskure: SD/SE/GA rudani.
- Ba bayyana n: Mai karatu ba zai iya tantance amincin ba.
- Launin da ba zai iya shiga ba: Ban da makafi masu launi masu launin ja-kore.
- Ƙawata bayanai: Zaɓaɓɓen wakilci shine rashin ɗa'a na kimiyya.
Hankali: Duk wani tsari na jadawali wanda ya sa bayanan sun bambanta da shi (yanke axis, ɓoye abin da ya wuce, maimaita zaɓi) cin zarafin amincin kimiyya ne. AI na iya samar da ginshiƙi "mai kyau" a zahiri; amma alhakinku ne don tabbatar da cewa ginshiƙi yana wakiltar bayanan daidai.
Bishiyar Phylogenetic da jadawali na dangantaka
Wani gani na musamman ga ilmin halitta shine bishiyar phylogenetic, wanda ke nuna alaƙar juyin halitta na nau'in ko jeri. Tsarin reshe yana nuna alaƙa, kuma tsayin reshe yana nuna adadin canji. AI yana rubuta lambar da ke gina bishiya daga jeri masu daidaitawa (misali tare da Biopython Phylo ko ete3) kuma ya zana itacen a tsarin da za a iya karantawa. Duk da haka, akwai ramuka guda biyu a cikin fassarar bishiyar: yin watsi da tsayin reshe da kallon reshe kawai, kuma ba a ƙayyade takalmin takalma ba (darajar da ke nuna yadda ake dogara da reshe). Reshe mai ƙarancin tallafi bai isa ba don da'awar ƙayyadaddun dangi.
Zana bishiyar phylogenetic daga jeri masu daidaitawa. Nuna tsayin reshe don sikelin, ƙara ƙimar tallafin bootstrap zuwa nodes, yi alama rassan tare da ƙaramin tallafi ƙasa da 70%. Ku kusanci ƙananan rassan tallafi tare da taka tsantsan lokacin fassarar bishiyar.
Teburi mai jadawali: wanda lokacin
Ba kowane bayanai ke buƙatar zane-zane ba. Inda ainihin lambobi ke da mahimmanci (misali ainihin ƙimar ƙungiyoyi da yawa, sakamakon ƙididdiga) tebur da aka tsara da kyau ya fi jadawali. Jadawalin yana nuna tsari da kwatanta; Tebur yana ba da ƙimar daidai. Lokacin da aka tambaye shi ga basirar wucin gadi, "Shin ya kamata a nuna wannan bayanan azaman jadawali ko tebur?" kuma neman hujja yana ƙarfafa gabatar da ku.
A ƙarshe, ginshiƙi yana buƙatar zama mai bayyana kansa. Ya kamata mai karatu ya iya fahimtar abin da aka nuna kawai ta hanyar kallon jadawali da takensa ba tare da karanta rubutun ba: yakamata a sanya alamar gatari kuma tare da raka'a, a fayyace ƙungiyoyi, n yakamata a ƙayyade, a sanya alamar ƙididdiga. Tambayi AI gin ɗin ku "shin yana da kansa da take da alamun sa?" Bayan an duba shi kyakkyawan bincike ne na ƙarshe.
Taswirar shirye-shiryen bugawa: cikakkun bayanai na fasaha
Akwai wasu cikakkun bayanai na fasaha waɗanda ke ɗaukar hoto daga kallon mai kyau akan allo don amfani da su a cikin watsa shirye-shirye, kuma AI na iya ƙara waɗannan zuwa lambar. Na farko, ƙuduri: mujallu suna buƙatar babban ƙuduri (300 DPI da sama) ko tsarin vector (PDF, SVG); Wannan yana tabbatar da cewa mai hoto baya blur a cikin bugawa. Na biyu shine girman font: alamar da za a iya karantawa akan allo bazai karanta ba lokacin da aka rage shi a shafin labarin; Ya kamata a daidaita axis da maki mai lakabi daidai. Na uku, daidaito: yin amfani da code ɗin launi iri ɗaya (misali, sarrafa ko da yaushe launin toka, magani koyaushe shuɗi) a duk jadawali a cikin binciken ɗaya yana hana mai karatu sake canza kowane jadawali. Kuna iya ƙara waɗannan cikakkun bayanai a mataki ɗaya ta hanyar gaya wa ɗan adam hankali "yi wannan hoton a shirye don bugawa: 300 DPI, fitarwar vector, girman girman rubutu, daidaitaccen launi mai launi".
Shirya ginshiƙi na don bugawa: 300 DPI kuma a adana azaman vector (PDF), ƙara girman axis da girman lakabi zuwa girman da za'a iya karantawa, yi amfani da palette mai daidaitacce a duk faɗin gudu ( sarrafawa = launin toka, jiyya = shuɗi). Ba da lambar sharhi tare da matplotlib.
a takaice
Kyakkyawan jadawali na kimiyya yana nuna bayanai a sarari da gaskiya. Filin dutsen mai aman wuta, taswirar zafi, filin akwatin/violin da PCA kayan aikin asali ne na ilimin halitta. AI da sauri ya rubuta lambar don waɗannan jadawali, amma aikinku ne ku bi ƙa'idodin gaskiya kamar fara axis a sifili, nuna rarrabawa, ayyana ma'aunin kuskure, ƙayyadaddun n, da palette mai sauƙi. Kyawawan zane-zane ba zane-zane masu gaskiya ba ne.
Aikin aikace-aikace
Tare da saitin bayanai kuna da (ko samfurin), sa AI ta samar da sigogi biyu: makircin violin / akwatin tare da bayanan bayanan da ke nuna rarraba rukuni, da kuma makircin dutsen mai aman wuta daga teburin magana daban. A cikin duka, fara axis daga sifili (idan ya dace), ƙara n zuwa take, yi amfani da palette abokantaka masu launi. Sa'an nan kuma tambayi samfurin don samar da sigar "masu yaudara" da "gaskiya" na ginshiƙi guda ɗaya kuma bayyana bambanci.
jerin abubuwan dubawa
- [ ] Na zaɓi nau'in ginshiƙi bisa ga bayanai da manufa.
- [ ] Na fara tsara axis daga karce.
- [ ] Na nuna wuraren rarraba / bayanai, ba kawai matsakaici ba.
- [ ] Na ƙayyadadden abin da bar kuskure (SD/SE/GA) yake.
- Na ƙara [] n bayani zuwa ginshiƙi.
- [ ] Na yi amfani da palette na abokantaka na makafi kuma ban ƙawata bayanan ba.