Binciken Bayanai da Tabbatar da Ƙididdiga

Riba:

• Ability don zaɓar gwajin da ya dace da nau'in da rarraba bayanai da kuma duba abubuwan da ake zato (al'ada, bambance-bambance)
• Ikon fahimtar ainihin ma'anar p-darajar kuma bayar da rahoton sakamakon tare da girman sakamako da tazarar amincewa
• Kariya daga p-hacking tare da gano-tabbacin rabuwa, gyare-gyaren kwatancen da yawa da cikakken rahoto

Gwajin ya ƙare, bayanan suna cikin. Yanzu muna kan mataki mafi mahimmanci kuma mafi kuskure: nazarin bayanan daidai da fassara sakamakon gaskiya. Bayanan halitta sau da yawa yana da hayaniya, rashin kwanciyar hankali da yawa. Zaɓin gwajin da ba daidai ba, cin zarafi na zato, da kuma p-hacking na rashin hankali (gwajin bincike har sai ya ba da sakamakon da ake so) su ne abubuwan farko na rikicin sake haifuwa a cikin wallafe-wallafen nazarin halittu da aka buga. AI yana taimaka maka zaɓar gwajin da ya dace, bincika zato, da rubuta lambar bincike; amma mutuncin kididdiga alhakinku ne.

A cikin wannan rukunin, za mu rufe gwaje-gwajen ƙididdiga na gama-gari, bincikar zato, da hanyoyin kare kanku daga satar bayanai.

Zaɓin gwajin da ya dace

Zaɓin gwajin ya dogara da nau'in da rarraba bayanai. Hankalin wucin gadi zai taimaka muku yin wannan zaɓi, amma bai kamata ku yi amfani da shi a makance ba:

• Ƙungiyoyi biyu, ci gaba da bayanai, rarrabawar al'ada: t-gwajin mai zaman kanta.
• Ƙungiyoyi biyu, waɗanda ba na al'ada ba: Mann-Whitney U (marasa daidaituwa: baya buƙatar ra'ayin rarraba).
• Fiye da ƙungiyoyi biyu: ANOVA (binciken bambancin) + gwajin bayan-hoc.
• Bayani mai mahimmanci (ƙidaya): Chi-square ko ainihin gwajin Fisher.
• Dangantaka: Daidaitawa (Pearson/Spearman) ko koma baya.

Tukwici: Yi tunanin bayanan kafin zabar gwajin. A histogram ko akwatin akwatin nan take yana nuna al'ada da abubuwan da ke buƙatar t-gwajin. "Graph farko, gwada daga baya" dabi'a ce mai kyau.

Duban zato

Kowane gwaji yana da zato na ɓoye. T-gwajin yana ɗaukar rarraba al'ada da daidaito na bambance-bambance; Idan aka keta waɗannan, sakamakon zai zama yaudara. AI yana rubuta lambar da ke bincika waɗannan zato:

Matsayi: Kai mataimakin ilimin halittu ne. Aiki: Rubuta lambar da ke bincika zato na t-gwajin kafin kwatanta ƙungiyoyi biyu na bayanai: al'ada (Shapiro-Wilk), daidaiton bambance-bambance (Levene). Idan an keta zato, gaya mani madadin gwajin da zan ci gaba. Ba da lambar Python tare da sharhi.

Lambar tana tura ku zuwa Mann-Whitney idan al'ada ta karye. Wannan "duba farko, yanke shawara daga baya" yana hana ku yin gwajin da ba daidai ba.

p-hacking da yadda zaka kare kanka

p-hacking yana nazarin bayanai ta hanyoyi daban-daban har zuwa p <0.05: gwada gwaje-gwaje daban-daban, zaɓin watsar da masu fita waje, ƙara / cire ƙungiyoyi, bayar da rahoton abin da ke "mahimmanci" a tsakanin yawancin masu canji. Wannan shine babban tushen binciken karya. Hanyoyin kariya:

1. Gyara tsarin bincike a gaba (Raka'a 7).
2. Ba da rahoton duk gwaje-gwaje, ba kawai waɗanda ke nuna mahimmanci ba.
3. Gyara kwatancen da yawa (FDR/Bonferroni).
4. Ba da girman tasiri da tazarar amincewa kusa da p-darajar.
5. Bincike daban-daban da tabbatarwa: Gwada abin da kuka samu a saitin ganowa akan saiti mai zaman kansa.

Mataki zuwa mataki: bincike na gaskiya

1. Nuna bayanan (watsawa, waje).
2. Bincika zato.
3. Yi gwajin da kuka ƙaddara.
4. Gyara kwatancen da yawa.
5. Rahoton girman tasirin sakamako + tazarar amincewa.
6. Rubuta iyakoki a sarari.

Samfuran gaggawar da za a iya kwafi

Yi tunanin abin da aka fitar: ƙirƙira ƙididdiga da zane-zane na kowane rukuni, tuta daga waje. Sa'an nan fassara al'ada.Data columns: [name]. Ba da lambar Python tare da sharhi.

Ina so in kwatanta ƙungiyoyi na biyu. Halayen bayanan: [nau'in, N, rarrabawa].Wanne gwaji ya dace? Bincika zato, yi gwajin, rahoton girman tasirin da tazarar amincewa 95% TARE da ƙimar p-darajar.

Na gwada kwayoyin halitta 15 daban-daban a cikin bincike na. Ba da lambar da ta shafi gyaran Bonferroni da Benjamini-Hochberg kuma bayyana bambanci tsakanin hanyoyin biyu.

Rauni mai ƙarfi / Ƙarfi mai ƙarfi

Rauni: "Shin waɗannan ƙungiyoyi biyu sun bambanta, yi t-test."

Ƙarfafa: "Ina da ƙungiyoyi biyu (ikon n = 18, jiyya n = 20), madaidaicin dogara shine aikin enzyme (ci gaba). Da farko kwatanta rarrabawa da gwada al'ada tare da Shapiro-Wilk. Idan al'ada, yi amfani da t-gwajin, idan ba haka ba, Mann-Whitney. Ba da rahoton sakamakon tare da p-darajar, girman sakamako (Cohen's d ko matsayi-binciken ku). me yasa."

Bambanci: Ƙarfin faɗakarwa yana da nau'in bayanai, lambobin samfurin, duban zato da cikakken buƙatar rahoto. Samfurin yana bin hanyar da ta dace maimakon yin amfani da t-test a makance.

uku mini lokuta

Case 1 - Gwajin da ba daidai ba: ɗalibi ya yi amfani da t-test don skewed (wanda ba na al'ada ba) bayanai kuma ya sami p=0.048. Lokacin da hankali na wucin gadi ya kara tabbatarwa na al'ada, bayanan ba su fito daidai ba; Tare da Mann-Whitney, p=0.11. Ainihin sakamakon ba shi da ma'ana. Darasi: Gwaji ba tare da duba zato ba gaskiya bane.

Case 2 - Zaɓar da zaɓaɓɓu na waje: Wani mai bincike ya share maki biyu "fita" don sa sakamakon ya zama mai ma'ana. Samfurin ya jaddada cewa ya kamata a yi watsi da ƙetare a kan ƙayyadadden ƙayyadaddun ƙa'ida (misali, hanyar IQR) kuma an ruwaito; sharewa da gangan shine p-hacking. Darasi: saita ƙa'idar da ta wuce gaba.

Case 3 - Girman Girman Tasiri: Nazarin daya yana da p=0.001 amma girman tasirin (d=0.1) ya kusan sifili; babban samfurin ya nuna bambancin da ba shi da mahimmanci ya zama mahimmanci. Lokacin da hankali na wucin gadi ya ba da rahoton girman tasirin, an gano cewa binciken ba shi da wani amfani mai amfani. Darasi: Don kawai p ƙarami ba shi da mahimmanci.

kwatanta jadawalin

Matsayi

daidai tsarin

Don kaucewa

bayanan da ba na al'ada ba

Gwajin marasa daidaituwa

Tilastawa t-gwajin

gwaji da yawa

Aiwatar gyara

Danye p<0.05

m

Dokar da aka riga aka ƙayyade

shafewa ba bisa ka'ida ba

gagarumin sakamako

Girman tasirin + CI

kawai p

gano ganowa

Tabbatar da saiti mai zaman kansa

Ƙarshe cikin saiti ɗaya

Kuskuren gama gari

• Gwajin da ba a sarrafa hasashe: Muhimmancin ƙima tare da gwajin ƙarya.
• p-hacking: Gwada bincike har sai ya ba da sakamakon da ake so.
• Rahoto kawai p-darajar: Yin watsi da girman tasiri da tazarar amincewa.
• Ba gyara don kwatance masu yawa: Ƙarya tabbatacce.
• Tsalle mai haddasawa: Haɓaka dalili daga alaƙa.

Tsanaki: AI ba zai "samar" sakamakon da kuke so ba, amma zai rubuta lambar don gwajin da ba daidai ba idan an ɓace. Kuna da mutuncin ƙididdiga: bayar da rahoton duk gwaje-gwaje, tsara bincike a gaba, kada ku rasa girman tasirin. Yi aiki tare da masanin ilimin halitta don nazarin abubuwan da ke haifar da bugawa.

ainihin ma'anar p-darajar

Mafi rashin fahimta a cikin ilmin halitta shine p-darajar. P-darajar ba shine "yiwuwar hasashe ta zama gaskiya ba"; Shi ne "yiwuwar ganin bambanci babba ko fiye da abin da kuke lura da shi, yayin da a zahiri babu bambanci." Wannan bambance-bambancen da ke da hankali amma mai mahimmanci shine mabuɗin don rashin ƙari ga sakamakon. p=0.03 baya nufin "tasirin shine 97% na gaske". Lokacin samun fassarar AI ta sakamako, duba cewa yana amfani da wannan ma'anar daidai; Samfurin na iya maimaita fassarar gama gari a wasu lokuta.

Tazarar amincewa (CI) sau da yawa yana da ƙarin bayani fiye da p-darajar saboda yana nuna girman da rashin tabbas na tasirin tare. "Bambanci 2.4-ninka (95% CI: 1.8-3.1)" ya ce fiye da "p <0.05": duka jagorancin tasirin, girmansa, da kuma yadda aka auna shi daidai. Haska GA a cikin rahotanninku.

Yi amfani da ma'anar p-darajar daidai lokacin fassarar sakamako na. Ka guji maganganun da ba daidai ba kamar "yiwuwar tasirin zama gaskiya." Madadin haka, bayyana ma'anar aiki cikin sharuddan girman tasirin da tazarar amincewa 95%. Sakamako: [data]

Daidaitawa, dalili da bayanan lura

Yawancin bayanan ilimin halitta na lura: kuna ganin wani abu yana canzawa da wani abu dabam, amma ba za ku iya ganin abin da ke haifar da me ba. Jumlar “bayyanar halittar X tana da alaƙa da cuta” ba ta nuna cewa X yana haifar da cuta ba; Cutar na iya ƙara X, ko kuma kashi na uku na iya shafar duka biyun. Ba za a iya kafa dalili ba ta hanyar gwaji na shiga tsakani (canza X da auna sakamakon). AI na iya yin amfani da yare mai haddasawa cikin rashin sani ("sabannin," "yana kaiwa ga") a cikin rubutunku; sake duba kowace jimla ta ƙarshe ta wannan hangen nesa, da bayyana abubuwan da aka gano a cikin harshe mai alaƙa ("masu haɗawa," "saɓanin tare").

Rarraba bayanai guda biyu da masu zaman kansu

Bambancin da aka saba mantawa da shi akai-akai a zaɓin gwaji shine ko samfuran suna da zaman kansu ko an haɗa su. Idan kuna ɗaukar kafin da bayan ma'auni daga mutum ɗaya (misali, ƙimar jini na marasa lafiya ɗaya kafin da bayan jiyya), waɗannan ma'auni ba su da zaman kansu; Ana buƙatar gwajin haɗe-haɗe. Yin amfani da samfurin t-gwajin mai zaman kansa a nan yana watsar da bayanin daidaitawa a cikin bayanan kuma yana rage ƙarfi; Yana iya ma juya sakamakon. Ƙa'idar mai sauƙi ce: "Shin waɗannan ma'auni biyu sun fito ne daga sashin halitta ɗaya?" Idan amsar eh, ana amfani da gwajin haɗe-haɗe (t-test biyu ko gwajin sa hannun Wilcoxon), idan a'a, ana amfani da gwaji mai zaman kansa. Lokacin da kuka nemi basirar wucin gadi don gwaje-gwaje, tabbatar da tantance tsarin daidaita bayanan ku; Idan ba ku ƙayyade ba, samfurin yakan ɗauki 'yancin kai kuma yana ba da shawarar gwajin da ba daidai ba.

Ina da ma'auni guda biyu. Muhimmi: an ɗauki waɗannan ma'auni kafin/bayan daidaikun mutane guda ɗaya (haɗe). Zaɓi gwajin da ya dace wanda yayi la'akari da wannan wasa (t-test ko Wilcoxon), bincika tunanin ku kuma bayar da rahoto tare da girman tasirin. Kada ku ɗauka 'yancin kai.

a takaice

Daidaitaccen bincike na bayanai; zabar gwajin da ya dace don nau'in bayanai, bincika zato, gyara kwatancen da yawa, da bayar da rahoton girman tasirin da tazarar amincewa ban da p-darajar. Babban haɗari shine p-hacking; Maganin maganin shine shirin bincike na gaba, cikakken rahoto, da rabuwa-tabbacin ganowa. Hankali na wucin gadi taimako ne mai ƙarfi a zaɓin gwaji da bincikar zato, amma ƙimar ƙididdiga ta ta'allaka ne ga ɗan adam.

Aikin aikace-aikace

Ɗauki saitin bayanai (bayanan ku ko samfurin) tare da ƙungiyoyi biyu. Da farko kuna da lambar rubuta AI wanda ke hango bayanan da gwaje-gwaje don al'ada. Dangane da sakamakon, yi amfani da gwajin da ya dace (t-test ko Mann-Whitney) kuma bayar da rahoton girman sakamako da tazarar amincewa tare da p-darajar. Sannan kwatanta tasirin kwatancen da yawa ba tare da gyara ba kuma tare da gyara akan sakamakon.

jerin abubuwan dubawa

• [ ] Na hango bayanan kafin gwaji.
• [] Na duba zato na gwaji (al'ada, bambance-bambance).
• [ ] Na zaɓi gwajin da ya dace, ban yi amfani da t-test a makance ba.
• [ ] Na gyara mahara kwatance.
• Na bayar da rahoton [] p-darajar da kuma girman tasiri da tazarar amincewa.
• [ ] Na gyara tsarin bincike a gaba kuma na guje wa p-hacking.